R中igraph包中的邻居函数

Question

首先，我想说的是，我已经阅读了问题的答案："issues with R “igraph” package neighbor function"，并且我试图解决我的问题，但我做不到。我试图提出我的问题作为后续评论，但由于声誉低下我不能，因此我打开了这个新问题。现在这是我的问题：我对 neighbors 功能有同样的问题，因为它已在以下内容中解释过： "igraph” package neighbor function but when I try the solution which is given by Gabor Csardi 我刚刚收到 null 作为结果。我也在这里附上了我的那部分代码。我将非常感谢任何帮助和回答。我的 table:

edgelist <- read.table(text = "
1 2
2 3
3 4
4 5
3 6
6 7")
library(igraph)
graph <- graph.data.frame(edgelist)

str(graph)
## IGRAPH DN-- 7 6 -- 
## + attr: name (v/c)
## + edges (vertex names):
## [1] 1->2 2->3 3->4 4->5 3->6 6->7

现在如果我想要节点 3 的邻居，它应该是

2, 4, 6

但我得到的结果是：

2, 4, 5

我注意到它改变了我节点的顺序。正如我之前解释的那样，我尝试了在堆栈溢出中找到的解决方案，但结果为空：

graph$name[neighbors(graph, 3)]
   NULL

我不知道我还能做什么，如果有任何帮助，我将不胜感激。

Answer 1

在我们开始之前，您应该注意不要混淆给定顶点的 label/name 和 index/number。当您同时使用数字作为标签和标记时，事情很快就会变得混乱。为了避免混淆，我在这里使用字母

edgelist <- read.table(text = "
A B
B C
C D
D E
C F
F G")  

library(igraph)
graph <- graph.data.frame(edgelist)
str(graph)
#IGRAPH DN-- 7 6 -- 
# + attr: name (v/c)
# + edges (vertex names):
# [1] A->B B->C C->D D->E C->F F->G

要查看正在处理的内容，我们绘制它：

plot(graph)

要获取邻居的索引，请执行以下操作：（记住有一个 mode 参数）

neighbors(graph, 3, mode = "total")  # Index of neighbours by index
## [1] 2 4 5
neighbors(graph, "C", mode = "total")  # Index of neighbours by label
## [1] 2 4 5

要执行 Gabor 建议的操作，您需要执行以下操作。（我认为他错过了 V( ) 并在 post 中表示 V(graph)$name 时写了 graph$name）

# Label of neighbours by label
V(graph)$name[neighbors(graph, "C", mode = "total")]
## [1] "B" "D" "F"

这给出了相应"neighbors"的标签。这与图像一致。

编辑糟糕。我搞砸了。使用 E() 而不是 V()。它似乎按预期工作。对不起。

Answer 2

或者，您可以使用 which 为您提供所需的索引：

neighbors(g,which(V(g)$name %in% 'A'),mode='in')

R中igraph包中的邻居函数

neighbors function in igraph package in R

r

graph

neighbours

igraph