R : TUKEY 遵循单向方差分析

Question

我在 R 中进行了单向方差分析，但是当我尝试进行 Tukey post-hoc 以查看哪些处理彼此不同时，我不断收到错误消息。（我希望结果运行ked (a, ab, b, bcd...etc.)

DATA details:

data = "abh2"

x = 6 treatments : "treatment"

y= moisture readings "moist" (n=63 per treatment, total=378)

我运行单向方差分析：

anov <- anova(lm(moist~treatment, data=abh2))

.# 结果表明我可以移动到 post hoc (p<0.05):

Analysis of Variance Table

Response: moist
           Df Sum Sq Mean Sq F value    Pr(>F)    
treatment   5 1706.3  341.27  25.911 < 2.2e-16 ***

我选择了 Tukey HSD 并尝试使用 2 种方法运行它，但都收到错误消息：

内置R函数：

TukeyHSD(anov)
# ERROR : no applicable method for 'TukeyHSD' applied to an object of class "c('anova', 'data.frame')"

农家乐套餐：

    HSD.test(anov, "treatment", group=TRUE, console=TRUE)
    # ERROR : Error in HSD.test(anov, "treatment", group = TRUE, console = TRUE) :
argument "MSerror" is missing, with no default

我发现 MSerror 是

1) 一个“#旧版本 HSD.test()”（但我刚刚更新了 agricolae 包）

2) MSerror<-偏差(模型)/df

所以我尝试了：

HSD.test(anov, "treatment", MSerror=deviance(moist)/5, group=TRUE, console=TRUE)
 *but still* # ERROR: $ operator is invalid for atomic vectors

谁能帮我从这里继续前进？这似乎是一个非常简单的问题，但我在这上面花了好几个小时！

非常感谢:)

Answer 1

尝试使用以下代码将您的治疗指定为一个因素：

abh2$treatment <- factor(abh2$treatment)

Answer 2

感谢反馈 Annie-Claude，它让我走上了正确的轨道，R 没有正确识别数据。

不过我使用这段代码解决了问题：

library(agricolae)

model<-aov(moist~treatment, data=abh2)

out <- HSD.test(model,"treatment", group=TRUE,console=TRUE)

看来我最初使用的 ANOVA 命令（来自 R 基础包）根本无法被我之后尝试执行的 Tukey 测试（使用 agricolae 包）理解。

Take-home给我留言：尝试在同一个包中进行相关的字符串分析！

p.s。获取 p-values:

summary(model)

它们可以像这样转换为数据帧：

as.data.frame（摘要（模型）[[1]]）

R : TUKEY 遵循单向方差分析

R : TUKEY following one-way ANOVA

r

package

anova

tukey