通过顶点索引删除边的更快方法 [igraph Python]

Question

我正在使用 AI，我的一种算法需要添加和删除边缘。我可以用 igraph 来做，但我的问题是：它太慢了。

如果我使用两个词典，我可以在 0.2 秒内运行我的代码。但是使用 igraph，我需要超过 5s。而且我不知道如何提高代码性能。

下面的代码是算法的一部分。这将删除两个顶点列表之间的所有边。任何人都知道如何以更好的性能做到这一点？

for vertexI in self.vertexSI:
    for vertexJ in self.vertexSJ:
        try:
            nOfLoops += 1
            edgeID = self.g.get_eid(vertexI.index, vertexJ.index)
            self.g.delete_edges(edgeID)
        except Exception as e:
            nOfErrors += 1

谢谢。

Answer 1

igraph 的数据结构针对快速查询进行了优化，但 not-so-fast 更新。每当您添加顶点、删除顶点、添加边或删除边时，igraph 图中有几个数据结构必须更新/重新索引。在许多情况下，删除一条边的成本几乎与一次性删除多条边的成本一样高。

例如，如果我理解正确的话，您上面的目标是删除落在两个顶点组（self.vertexSI 和 self.vertexSJ）之间的所有边。你可以像上面那样做，但是这会很慢，因为你要删除边 one-by-one。您可以通过首先将要删除的边的 ID 收集到列表中，然后在末尾使用该列表调用 self.g.delete_edges() 来加快速度。但是还有一个更简单的one-liner（假设你的图是无向的）：

self.g.es.select(_between=(self.vertexSI, self.vertexSJ)).delete()

通过顶点索引删除边的更快方法 [igraph Python]

Faster way to delete edge by vertex index [igraph Python]

python

igraph