Winbugs 到 Rjags beta 二项式模型的转换

Question

我正在阅读 Christensen 等人的教科书 "Bayesian Ideas and Data Analysis"。

书中有一个简单的练习，涉及将以下代码剪切并粘贴到 Winbugs 中的运行：

model{ y ~ dbin(theta, n) # Model the data 
ytilde ~ dbin(theta, m) # Prediction of future binomial 
theta ~ dbeta(a, b) # The prior 
prob <- step(ytilde - 20) # Pred prob that ytilde >= 20 } 
list(n=100, m=100, y=10, a=1, b=1) # The data 
list(theta=0.5, ytilde=10) # Starting/initial values

我正在尝试将以下内容翻译成 R2jags 代码，运行遇到了一些麻烦。我认为我可以相当直接地以这种方式编写我的 R2Jags 代码：

model {
    #Likelihoods
    y ~ dbin(theta,n)
    yt ~ dbin(theta,m)
    #Priors
    theta ~ dbeta(a,b)
    prob <- step(yt - 20)
}

使用 R 代码：

library(R2jags)

n <- 100
m <- 100
y <- 10
a <- 1
b <- 1

jags.data <- list(n = n,
                  m = m,
                  y = y,
                  a = a,
                  b = b)

jags.init <- list(
                 list(theta = 0.5, yt = 10), #Chain 1 init
                 list(theta = 0.5, yt = 10), #Chain 2 init
                 list(theta = 0.5, yt = 10) #Chain 3 init
                 ) 

jags.param <- c("theta", "yt")

jags.fit <- jags.model(data = jags.data,
                     inits = jags.inits,
                     parameters.to.save = jags.param,
                     model.file = "hw21.bug",
                     n.chains = 3,
                     n.iter = 5000,
                     n.burnin = 100)

print(jags.fit)

但是调用R代码会出现如下错误：

Error in jags.model(data = jags.data, inits = jags.inits, parameters.to.save = jags.param,  : 
  unused arguments (parameters.to.save = jags.param, model.file = "hw21.bug", n.iter = 5000, n.burnin = 100)

是否因为我的 R2Jags 模型代码中缺少必要的 for 循环？

Answer 1

错误来自 R 函数 jags.model（不是来自 JAGS）- 您正试图将参数 parameters.to.save 等用于错误的函数。

如果你想让模型尽可能类似于 WinBUGS，有一种比在 R 中指定数据和初始值更简单的方法。将以下内容放入一个名为 'model.txt' 的文本文件中目录：

model{
  y ~ dbin(theta, n) # Model the data 
  ytilde ~ dbin(theta, m) # Prediction of future binomial 
  theta ~ dbeta(a, b) # The prior 
  prob <- step(ytilde - 20) # Pred prob that ytilde >= 20
} 

data{
  list(n=100, m=100, y=10, a=1, b=1) # The data 
}

inits{
  list(theta=0.5, ytilde=10) # Starting/initial values
}

然后运行 R 中的这个：

library('runjags')
results <- run.jags('model.txt', monitor='theta')
results
plot(results)

有关将 WinBUGS 模型转换为 JAGS 的方法的更多信息，请参阅： http://runjags.sourceforge.net/quickjags.html

马特

Answer 2

This old blog post 有一个将 BUGS 转换为 JAGS 的广泛示例，该示例通过包 rjags 而不是 R2jags 访问。（我更喜欢包 runjags。）我知道我们应该在这里提供 self-contained 答案，而不仅仅是链接，但 post 相当长。它遍历脚本的每个逻辑步骤，包括：

正在加载包
指定模型
组装数据
正在初始化链
运行锁链
检查结果

Winbugs 到 Rjags beta 二项式模型的转换

Winbugs to Rjags beta binomial model translation

r

bayesian

jags

winbugs

r2jags