循环等待 r 中的结果或超时

Question

我在 r 中编写了一个非常快速的 blast 脚本，以启用与 NCBI blast 的接口 API。但是有时，结果 url 需要一段时间才能加载，并且我的脚本会抛出错误，直到 url 准备就绪。有没有一种优雅的方式（即tryCatch选项）来处理错误，直到返回结果或在指定时间后超时？

  library(rvest)
  ## Definitive set of blast API instructions can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/staff/tao/URLAPI/new/BLAST_URLAPI.html
  ## Generate query URL
  query_url <-
    function(QUERY,
             PROGRAM = "blastp", 
             DATABASE = "nr",
             ...) {
      put_url_stem <-
        'https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Put'
      arguments = list(...)
      paste0(
        put_url_stem,
        "&QUERY=",
        QUERY,
        "&PROGRAM=",
        PROGRAM,
        "&DATABASE=",
        DATABASE,
        arguments
      )
    }

  blast_url <- query_url(QUERY = "NP_001117.2")      ## test query
  blast_session <- html_session(blast_url)               ## create session
  blast_form <- html_form(blast_session)[[1]]         ## pull form from session
  RID <- blast_form$fields$RID$value      ## extract RID identifier

  get_url <- function(RID, ...) {
    get_url_stem <-
      "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Get"
    arguments = list(...)
    paste0(get_url_stem, "&RID=", RID, "&FORMAT_TYPE=XML", arguments)
  }
  hits_xml <- read_xml(get_url(RID))    ## this is the sticky part

有时 get_url 需要几分钟才能上线，所以我想做的是继续尝试让我们说每 20-30 秒，直到它产生 url 或在预先指定的时间后超时。

Answer 1

我想你可能会发现 this answer about the use of tryCatch useful

关于 'keep trying until timeout' 部分。我想你可以在 this other answer about a tryCatch loop on error

之上工作

希望对您有所帮助。

循环等待 r 中的结果或超时

Loop to wait for result or timeout in r

r

connection-timeout

blast

rvest