循环遍历具有多个输入的 shell 脚本的文件夹中的文件

Question

为命令行工具指定多个输入？

我是 bash 的新手，我想在包含大量文件的文件夹上循环命令行程序。

该脚本接受两个输入文件（在我的例子中，它们在文件名的一个字段中有所不同（“...R1”与“...R2")。运行该工具的单个实例如下所示：

tool_name infile1 infile2 -o outfile_suffix

实例：

casper sample_name_R1_001.out.fastq sample_name_R2_001.out.fastq -o sample_name_merged

文件名格式：

DCP-137-5102-T1A3_S33_L001_R1_001.fastq
DCP-137-5102-T1A3_S33_L001_R2_001.fastq

不同对（例如 2000、2110、5100 等...）的粗体字段会有所不同，每对由 R1 或 R2 区分。

我想知道如何在包含多对匹配文件的文件夹上循环脚本，并确保输出 (-o) 获得 'sample_name' 后缀。

我熟悉基本的 for file in ./*.*; do ... $file...; done 但这显然不适用于此示例。如有任何建议，我们将不胜感激！

Answer 1

您想遍历 R1 并从中导出 R2 和合并文件名，例如：

for file1 in ./*R1*; do
    file2=${file1/R1/R2}
    merge=${file1#*R1}_merged
    casper ${file1} ${file2} -o ${merge}
done

注意：Markdown 将 #*R1}_merged 显示为评论——它不是

Looping over files in a folder for shell script with multiple inputs