如何在 rpy2 中使用 R 'with' 运算符

Question

我正在做序数逻辑回归，并按照此处的指南进行分析：R Data Analysis Examples: Ordinal Logistic Regression

我的数据框（咨询）看起来像：

           n  raingarden  es_score  consult_case
garden_id                                       
27436      7           0         3             0
27437      1           0         0             1
27439      1           1         1             1
37253      1           0         3             0
37256      3           0         0             0

我现在需要创建图形来测试比例赔率假设，R 中的命令如下：

(s <- with(dat, summary(es_score ~ n + raingarden + consult_case, fun=sf)))

（es_score 是序数运行ked 分数，其值介于 0 - 4 之间；n 是整数；raingarden 和 consult_case，二进制值为 0 或 1）

我有 sf 功能：

sf <- function(y) {
     c('Y>=1' = qlogis(mean(y >= 1)),
       'Y>=2' = qlogis(mean(y >= 2)),
       'Y>=3' = qlogis(mean(y >= 3)))
}

在我按如下方式访问的 utils.r 文件中：

from rpy2.robjects.packages import STAP
with open('/file_path/utils.r', 'r') as f:
    string = f.read()
sf = STAP(string, "sf")

并想按照以下方式做一些事情：

R = ro.r
R.with(work_case_control, R.summary(formula, fun=sf))

主要问题是 R with 运算符被视为 python 关键字，因此即使我使用 ro.r.with 访问它，它仍然被识别为 python 关键字。（附带说明：我尝试改用 R 的 apply 方法，但出现 TypeError: 'SignatureTranslatedAnonymousPackage' object is not callable 错误...我假设这是指我的函数 sf？）

我也试过使用rpy2中的R赋值方法如下：

R('sf = function(y) { c(\'Y>=1\' = qlogis(mean(y >= 1)), \'Y>=2\' = qlogis(mean(y >= 2)), \'Y>=3\' = qlogis(mean(y >= 3)))}')

R('s <- with({0}, summary(es_score~raingarden + consult_case, fun=sf)'.format(consult))

但运行数据框列名以某种方式导致错误的问题：RRuntimeError: Error in (function (file = "", n = NULL, text = NULL, prompt = "?", keep.source = getOption("keep.source"), : <text>:1:19: unexpected symbol 1: s <- with( n raingarden

我当然可以在 R 中完成这一切，但我在 python 中有一个非常复杂的 ETL 脚本，因此我更愿意使用 rpy2 将所有内容保留在 python 中（我确实尝试过这个使用 mord 进行 scipy-学习运行我的回归，但它非常原始）。

现在欢迎任何建议。

编辑

我尝试了@Parfait 的各种建议组合，根据 PyCharm 解释器（请参阅末尾带有红色突出显示的图像），限定 fun 参数在语法上是不正确的：。 .. 限定符是什么也没关系，我总是会出错 SyntaxError: keyword can't be an expression.

另一方面，没有限定符，没有语法错误：，但我在使用函数 sf 时确实得到了错误 TypeError: 'SignatureTranslatedAnonymousPackage' object is not callable：

from rpy2.robjects.packages import STAP with open('/Users/gregsilverman/development/python/rest_api/rest_api/scripts/utils.r', 'r') as f: string = f.read() sf = STAP(string, "sf")

考虑到这一点，我用函数 sf 在 R 中创建了一个包，将其导入，并尝试了各种组合，唯一没有产生错误的组合是：print(base._with(consult_case_control, R.summary(formula, fun=gms.sf)))（gms 是对我在 R 中的包的引用）。

虽然输出没有意义：

Length Class Mode 3 formula call

我期待 UCLA 网站上的 table ala。有趣的。我将尝试在 R 中重新创建我的分析，只是为了它。不过我还是想在 python 内完成它。

Answer 1

考虑将 with 调用括起来，并确保限定所有参数，包括 fun:

ro.r['with'](work_case_control, ro.r.summary(formula, ro.r.summary.fun=sf))

或者，导入 R 的基础包。并避免与 Python 的命名方法冲突 with() 翻译 R 名称：

from rpy2.robjects.packages import importr

base = importr('base', robject_translations={'with': '_with'})

base._with(work_case_control, ro.r.summary(formula, ro.r.summary.fun=sf))

并确保正确创建您的公式。考虑使用 R 的统计包 as.formula 从字符串构建。另请注意，由于命名冲突而进行了另一种翻译：

stats = importr('stats', robject_translations={'format_perc': '_format_perc'})

formula = stats.as_formula('es_score ~ n + raingarden + consult_case')

如何在 rpy2 中使用 R 'with' 运算符

How to use the R 'with' operator in rpy2

python

r

ordinal

rpy2

logistic-regression