如何使用 p.adjust() 函数

Question

我使用 wilcox.test() 函数从两个大型数据集获得了 p-values 的列表。

由于有多重比较，我必须调整 p 值。

问题是我不明白 p.adjust() 函数是如何工作的。
有人可以逐步告诉我该怎么做，这样我就可以得到所有已知 p 值的调整后 p 值吗？

Answer 1

我简单地复制了你的数据并带来了这个简单的功能：

dat <- data.frame(
    value=c(4409, 55.5, 3951.5),
    p.value=c(2.766e-15, 0.04606, 1.545e-15)
)

这是需要调整的简单函数p-value:

getAdjustPval <- function(df, pAdjustMethod="BH", ...) {
    if(is.null(df$p.value)) {
        stop("p-value is required")
    } else {
        p <- df$p.value
        df$adjust.pvalue <- p.adjust(p, method = pAdjustMethod)
        df
    }
}

你会得到这个：

   value   p.value adjust.pvalue
1 4409.0 2.766e-15     4.149e-15
2   55.5 4.606e-02     4.606e-02
3 3951.5 1.545e-15     4.149e-15

如何使用 p.adjust() 函数

how to use the p.adjust()-function

r

adjustment

p-value