导入 igraph 时遇到问题-python

Question

我的系统上有 CentOS release 6.8 (Final)。我已经通过

安装了 igrph-python

conda install -c marufr python-igraph=0.7.1.post6

当我尝试导入包时出现错误：

ImportError: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by /home/abolfazl/.python-eggs/python_igraph-0.7.1.post6-py2.7-linux-x86_64.egg-tmp/igraph/_igraph.so)

我搜索了类似的问题并找到了一些答案。我尝试了。但是，我仍然得到 ImportError。你有什么解决办法吗？非常感谢

Answer 1

长话短说：

conda install -yc nehaljwani python-igraph=0.7.1.post6

好的，让我们看看共享库存在哪些版本依赖项：

readelf --version-info /root/.cache/Python-Eggs/python_igraph-0.7.1.post6-py2.7-linux-x86_64.egg-tmp/igraph/_igraph.so | grep -Po '(?<=GLIBC_)([\d.]*)' | sort -Vr | head -1
2.14

readelf --version-info /root/.cache/Python-Eggs/python_igraph-0.7.1.post6-py2.7-linux-x86_64.egg-tmp/igraph/_igraph.so | grep -Po '(?<=GLIBCXX_)([\d.]*)' | sort -Vr | head -1
3.4.15

让我们看看系统提供了什么：

strings /lib64/libc.so.6  | grep -Po '(?<=GLIBC_)([\d.]*)' | sort -Vr | head -1
2.12

strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep -Po '(?<=GLIBCXX_)([\d.]*)' | sort -Vr | head -1
3.4.13

如您所见，3.4.13 < 3.4.15，2.12 < 2.14，因此共享库 _igraph.so 不会加载。

好的，所以你有一些选择：

备选方案 1：使用 conda 的 gcc 和 libxml2 构建来构建包。

yum install -y gcc-c++ libxml2-devel
bash Miniconda2-4.2.12-Linux-x86_64.sh -b -p ~/m2
source ~/m2/bin/activate
conda install -y conda-build
conda install -yc marufr python-igraph=0.7.1.post6
conda install -y gcc libxml2
export LD_LIBRARY_PATH=~/m2/lib/
conda build $CONDA_PREFIX/pkgs/python-igraph-0.7.1.post6-py27_0/info/recipe/
conda remove -y python-igraph
conda install $CONDA_PREFIX/conda-bld/linux-64/python-igraph-0.7.1.post6-py27_0.tar.bz2
python -c 'import igraph; print igraph.__version__'
0.7.1

注意这里我使用了 conda 的 gcc，我必须设置 LD_LIBRARY_PATH，这样在测试包时，它会选择 $CONDA_PREFIX/lib/libstdc++.so 而不是系统的 libstdc++.so。因此，下次您使用自己构建的软件包时，您也必须使用 conda 安装 gcc。嗯，工作太多了。

选择 2：构建包，但使用系统的 gcc 和 libxml2

yum install -y gcc-c++ libxml2-devel
bash Miniconda2-4.2.12-Linux-x86_64.sh -b -p ~/m2
source ~/m2/bin/activate
conda install -y conda-build
conda install -yc marufr python-igraph=0.7.1.post6
conda build $CONDA_PREFIX/pkgs/python-igraph-0.7.1.post6-py27_0/info/recipe/
conda remove -y python-igraph
conda install $CONDA_PREFIX/conda-bld/linux-64/python-igraph-0.7.1.post6-py27_0.tar.bz2
python -c 'import igraph; print igraph.__version__'
0.7.1

请注意，这次我不必导出 LD_LIBRARY_PATH 并依赖于旧的系统库。现在，您不需要在每次使用此软件包时都使用 conda 安装 gcc。但是，工作量还是太大了，嗯。

备选方案 3. 让 pip 编译共享库：_igraph.so

yum install -y gcc-c++ libxml2-devel
bash Miniconda2-4.2.12-Linux-x86_64.sh -b -p ~/m2
source ~/m2/bin/activate
pip install python-igraph==0.7.1.post6
python -c 'import igraph; print igraph.__version__'
0.7.1

选项 4：我已经为您构建了程序包并将其放在我的频道上。随意使用它:-)

bash Miniconda2-4.2.12-Linux-x86_64.sh -b -p ~/m2
source ~/m2/bin/activate
conda install -yc nehaljwani python-igraph=0.7.1.post6
python -c 'import igraph; print igraph.__version__'
0.7.1

选项 4 是目前最简单的，但为什么它有效？现在让我们看看它的依赖关系：

readelf --version-info /root/.cache/Python-Eggs/python_igraph-0.7.1.post6-py2.7-linux-x86_64.egg-tmp/igraph/_igraph.so | grep -Po '(?<=GLIBCXX_)([\d.]*)' | sort -Vr | head -1
3.4

readelf --version-info /root/.cache/Python-Eggs/python_igraph-0.7.1.post6-py2.7-linux-x86_64.egg-tmp/igraph/_igraph.so | grep -Po '(?<=GLIBC_)([\d.]*)' | sort -Vr | head -1
2.7

如您所见，3.4 是 < 3.4.15 并且 2.7 是 < 2.12 因此共享库 _igraph.so 现在加载了系统的旧图书馆 :-)

导入 igraph 时遇到问题-python

Trouble with importing igraph-python

python

installation

conda