尝试使用 Gviz 的 IdeogramTrack 时出现内部服务器错误

Question

我在 Bioconductor 的支持页面上发布了这个但是没有任何答案因此在这里尝试。

我正在使用 R/Biocondutor 包 Gviz 的 IdeogramTrack 功能，来自我所在机构的集群：

IdeogramTrack(genome="mm10",chromosome="chr1")

当我从主节点尝试这个时它工作正常但是当我从集群中的任何其他节点尝试这个 IO 通过主节点时，它挂起并且最终我收到错误消息：

Error: Internal Server Error

我可以通过这些节点（使用 traceroute http://genome.ucsc.edu）访问 enter link description here 或任何其他 UCSC 镜像，并且可以从 Ensembl 等其他存储库成功下载数据（例如, 使用 getBM).

知道哪里出了问题吗？

顺便说一句，知道 IdeogramTrack 正在尝试使用哪个端口吗？

Answer 1

听起来您机构的集群在通过 Gviz 从 UCSC 获取注释数据时遇到问题。我的一个建议是看看你是否可以从 UCSC 手动下载 mm9 注释； here is a good place to start, by chromosome. Alternatively, you may use a Bioconductor annotation package such as this.

当您的 data.frame 包含染色体和染色体信息（例如 mapInfo）时，您可以利用 GenomicRanges::makeGRangesFromDataFrame 将 mm9 注释转换为 GRanges 对象，这允许您可以制作自己的 IdeogramTrack 对象。有关如何自定义 IdeogramTrack 的详细信息，请参见 here。

一般来说，工作流程如下：

library(GenomicRanges)
library(Gviz)

mm9_annot <- read.table(<file or url with annotation>)
mm9_granges <- makeGRangesFromDataFrame(mm9_annot)

# Alternatively, you may use rtracklayer package
# mm9_granges <- rtracklayer::import(<file or url with annotation>)

my_ideo <- IdeogramTrack(genome="mm9_custom", bands=mm9_granges)

希望对您有所帮助。

尝试使用 Gviz 的 IdeogramTrack 时出现内部服务器错误

Getting Internal Server Error when trying to use Gviz's IdeogramTrack

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