如何得到dtwclust的结果

Question

现在我正在使用 dtwclust 包（感谢作者 Alexis Sarda-Espinosa 和 Alexis Sarda~）

我遇到了一个简单的问题。这是我的代码。

sc <- read.table("D:/handling data/confirm.csv", header=T, sep="," )
rownames(sc) <- sc$STDR_YM_CD
sc$STDR_YM_CD <- NULL
sc <- t(sc)
hc_sbd <- dtwclust(sc, type = 'h', k=3L, method = 'average', preproc = zscore,
               distance = 'dtw', control = list(trace=TRUE) )

plot(hc_sbd@cluster)
plot(hc_sbd, type='sc')
plot(hc_sbd, type='series', clus=2)
plot(hc_sbd, type='centroids', clus=2)

head(hc_sbd)
write.xlsx(hc_sbd, "D:/handling data/tab1clustn.xlsx")

我得到了这张照片。我想用集群标签导出我的数据。喜欢第二张图

这是我的数据link http://blogattach.naver.com/e772fb415a6c6ddafd137d427d9ee7953f6e9146/20170207_141_blogfile/khm2963_1486442387926_THgZRt_csv/confirm.csv?type=attachment

Answer 1

我假设 STDR_YM_CD 是您希望与 DTW 聚类的唯一标识符。

sc <- read.table("D:/handling data/confirm.csv", header=T, sep="," )
df.labels <- sc$STDR_YM_CD    #rownames(sc) <- sc$STDR_YM_CD
sc$STDR_YM_CD <- NULL
sc <- t(sc)

hc_sbd <- dtwclust(sc, type = 'h', k=3L, method = 'average', preproc = zscore,
           distance = 'dtw', control = list(trace=TRUE) )

hc.clust <- data.frame(STDR_YM_CD = df.labels, dtwclust = hc_sbd@cluster)

sc <- merge(sc,hc.clust, by.x = "STDR_YM_CD", by.y = "STDR_YM_CD")

我只是提取标签，即您要聚类的变量，然后我使用列名称 dtwclust 从 dtwclust 结果创建一个新数据框。我认为根据我们独特的标签将它们合并回去。还有其他方法可以做到这一点，但这是一种选择。希望对您有所帮助！

Answer 2

@Wayne Lee 的回答结束了。无需声明 data.frame，我们也不需要 merge 数据。

我知道的所有聚类算法，return一个聚类分配向量cluster，其长度与df具有相同的行。因此只是 cbind cluster 数据向量 df:

add_cluster_to_csv<-cbind(df,cluster=hc_sbd@cluster)

这也应该减少计算时间，因为我们不使用 merge 并且 cbind 比 data.frame 快得多。

附录：

整个代码如下所示：

### Pass the data into a dataframe:
df <- read.csv('D:/handling data/confirm.csv',header=TRUE,sep=',')

### Run dtwclust:
hc_sbd <- dtwclust(sc, type = 'h', k=3L, method = 'average', preproc = zscore,
               distance = 'dtw', control = list(trace=TRUE)
cluster <- hc_sbd@cluster                   ### Extract the cluster
add_cluster_to_csv<-cbind(df,cluster)       ### Combine the original dataframe with the vector 

### Write to new csv:
write.csv(add_cluster_to_csv,'Csv_with_cluster.csv')

如何得到dtwclust的结果

How to get the result of dtwclust

r

cluster-analysis