在 R 中计算跨站点的多样性指数

Question

我有一个数据框（df）如下：

Year PlotNo HabitatType Sp1 Sp2 Sp3 Sp4
2000   1       GH        0   1   2   3
1988   3       KL        2   3   4   5

其中，Sp 代表物种，其列代表丰度值。

我试图找出数据框中每一行的辛普森多样性。我尝试了以下 for 循环：

require(vegan)
y <- for(i in 1:nrow(df)) {
row <- df[i,4:50] #Assuming 50 columns
diversity(row, "simp")
}

但是我存运行报如下错误：

Error in sum(x) : invalid 'type' (character) of argument

关于如何更正此错误的任何想法？或者有任何替代方法吗？

Answer 1

diversity函数只能处理数值数据。可能 df[i,4:50] 包含 non-numeric 个元素。我的猜测是某些列是 character 或 factor。但是，如果没有可重现的示例，我无法确认情况是否如此。

Answer 2

我们可以使用：

library(data.table)
mydf <- setDF(mydf)
res <- mydf[, div := diversity(mydf[, 4:7], 'simp')]

这会为每一行添加一个列 div，其中包含 diversity 函数的结果。

Answer 3

diversity确实需要数值数据，这可能是你的问题。你从 sum(df[,4:50]) 得到了什么？

另一个问题是您不需要 for() 循环：当给定数据框或矩阵时，diversity 将计算每行（或列，如果您设置参数 MARGIN = 2).所以 diversity(df[,4:50]) 应该可以，前提是您的数据是数字。

Calculating diversity indices across sites in R