闪亮的 downloadButton() 和 downloadHandler() 500 错误

Question

我开发了一个 Shiny Dashboard，我有几个通过反应式文件阅读器导入的数据框等。我还添加了一个 "Generate PDF" 按钮，在我的 [=34= 中使用 downloadButton() ] 代码。我的 server.R 代码实现了 downloadHandler() 来处理该请求。

在我的 Windows 桌面上，这一切都完美无缺。我希望在我设置的 Linux 服务器上运行。当然，我必须修改一些路径，并将 Shiny Server 运行s 设置为根目录。当我在 Linux 服务器上的站点运行ning 上单击 "Generate PDF" 按钮时，我几乎立即收到 HTTP 500 错误。我自己在 Linux 服务器上手动编译了 pdfReport.Rmd 文件，它运行很好。

我猜是以下两件事之一：

数据在 Linux 框上的传递方式与在 Windows 桌面上的传递方式不同。这可能不太可能，但有可能。
我的路径有问题，所以当写入临时文件以开始生成 PDF 时，系统没有能力或路径不存在来写入文件。可能是我的 downloadHandler() 代码在某种程度上存在格式错误。我认为这比#1 的可能性更高。

这是我的 downloadHandler() 代码：

output$pdfReport <- downloadHandler(
  # For PDF output, change this to "report.pdf"
  filename = reactive({paste0("/srv/shiny-server/itpod/","ITPOD-",Sys.Date(),".pdf")}),

  content = function(file) {
    # Copy the report file to a temporary directory before processing it, in
    # case we don't have write permissions to the current working dir (which
    # can happen when deployed).

    tempReport <- file.path("/srv/shiny-server/itpod", "pdfReport.Rmd")
    file.copy("report.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)

    params <- list(ilp=updateILP(), ico=updateICO(), sec=updateSecurity(), ppwc=updateWorkPreviousPeriodCompleted(),
                   pow=updateOngoingWorkCABApproved(), pwcr=updatePlannedWorkCABRequested(), epca=updateEmergencyChangesPendingCABApproval(),
                   fac=updateFacilities(), drs=updateDRStatus(), ov=updateOperationalEvents(), sl=updateStaffLocations(),
                   w = updateWeather())

    # Knit the document, passing in the `params` list, and eval it in a
    # child of the global environment (this isolates the code in the document
    # from the code in this app).
    rmarkdown::render(tempReport, output_file = file, params = params, envir = new.env(parent = globalenv())
    )
  }
)

我想也许路径是不可写的，所以我尝试将其更改为 /tmp，但这也不起作用。四处寻找，我发现当我点击 "Generate PDF" 按钮时，我得到一个长 URL 和 "session":

http://my.url.com:3838/itpod/session/d661a858f5679aba26692bc9b4442872/download/pdfReport?w=

我开始怀疑这是不是问题所在，我不是在写入当前会话的路径还是什么？这对我来说是 Shiny 的一个新领域。就像我说的，在我的桌面上它工作正常，但是一旦我将它部署到 Linux 服务器，它就无法正常工作。任何帮助将非常感激。提前致谢！

Answer 1

好的 - 经过大量故障排除后，我发现我在闪亮的 webroot 中拥有的一些文件是主 pdfReport.Rmd 文件的依赖项，因为代码将报告复制到临时目录。

因为我不想将所有文件从我的 webroot 复制到临时文件，所以我决定在 webroot 本身内呈现报告。对我来说，这没什么大不了的，因为无论如何我的闪亮应用程序都是运行 root 用户。

现在我会解决这个问题，基本上我的解决方法是执行以下操作：

使服务运行成为普通用户
我将不得不在报告代码中静态引用它们，而不是复制报告所依赖的文件。

对于所有可能已经阅读并正在为此努力的人，我深表歉意。我对上面代码的修复如下：

output$pdfReport <- downloadHandler(
      # For PDF output, change this to "report.pdf"
      filename = reactive({paste0("/srv/shiny-server/itpod/","ITPOD-",Sys.Date(),".pdf")}),

      content = function(file) {
        # Copy the report file to a temporary directory before processing it, in
        # case we don't have write permissions to the current working dir (which
        # can happen when deployed).

        report <- file.path(getwd(), "pdfReport.Rmd")
        #tempReport <- file.path(tempdir(), "pdfReport.Rmd")
        #file.copy("pdfReport.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)

        params <- list(ilp=updateILP(), ico=updateICO(), sec=updateSecurity(), ppwc=updateWorkPreviousPeriodCompleted(),
                       pow=updateOngoingWorkCABApproved(), pwcr=updatePlannedWorkCABRequested(), epca=updateEmergencyChangesPendingCABApproval(),
                       fac=updateFacilities(), drs=updateDRStatus(), ov=updateOperationalEvents(), sl=updateStaffLocations(),
                       w = updateWeather())

        # Knit the document, passing in the `params` list, and eval it in a
        # child of the global environment (this isolates the code in the document
        # from the code in this app).
        rmarkdown::render(report, output_file = file, params = params, envir = new.env(parent = globalenv())
        )
      }
    )

  })

注意，我没有将文件复制到临时目录，而是在当前工作目录中指定文件。

闪亮的 downloadButton() 和 downloadHandler() 500 错误

Shiny downloadButton() and downloadHandler() 500 Error

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