在 r 中应用函数太慢

Question

我必须为很多物种计算每行的特定公式。该公式是丰度值与数据框最后一行中存在的值之间的乘积。然后，将所有这些产品相加。

我当前的脚本包括使用一个 apply 函数，它看起来和我开始使用的 for 循环一样慢。我使用名为 az 的简单 df 简化了以下脚本中的问题：

az=data.frame(c(1,2,10),c(2,4,20),c(3,6,30))
colnames(az)=c("a","b","c")


# Initial for loop
prov=0 # prov for provisional number
    for (i in 1:nrow(az)){
            for (j in 1:ncol(az)){
                   prov=prov+az[i,j]*az[nrow(az),j]
            }
        print(prov)
        prov=0
        }

# Apply solution
apply(az[,], 1, function(x) {sum(x*az[nrow(az),], na.rm=TRUE)})

这两种解决方案都有效，但它们都很慢（使用我原来的 df），我必须对大量物种重复该操作。因此，我想知道是否有人有更有效的解决方案，也许使用矢量化表达式。

亲切的问候。

Answer 1

尝试

  rowSums(az*unlist(az[nrow(az),])[col(az)], na.rm=TRUE)

或者稍微快一点的选择是使用 rep

  rowSums(az*rep(unlist(az[nrow(az),]),each=ncol(az)), na.rm=TRUE)

Answer 2

最快的解决方案可能是矩阵代数：

apply(az[,], 1, function(x) {sum(x*az[nrow(az),], na.rm=TRUE)})
#[1]  140  280 1400

m <- as.matrix(az)
m[is.na(m)] <- 0 #remove NA from sums
as.vector(m %*% m[nrow(m),])
#[1]  140  280 1400

在 r 中应用函数太慢

Apply function too slow in r

r

loops

apply