在 PHP 中执行外部 BLAST 程序

Question

我想在 PHP 而不是 Linux 控制台文本终端中执行 blastx 搜索应用程序。

./blastx -query $input -db ${Sbjct}_db -evalue 0.0001 -outfmt 6 -out /path/to/output.tsv

这是我的 PHP 部分代码。

exec('
/path/to/blastx 
-query /path/to/PAO1.fasta 
-db /path/to/VFDB_setB_pro
-evalue 0.0001
-outfmt 6
-out /path/to/output.tsv
');

但是，当我在 PHP 程序中调用 exec() 函数时，没有任何反应。

我也试过另一种方法。它return错误代码1。这是我的phpexec()内容：

exec('sh /path/to/myscript.sh', $output, $return_var);

我错过了哪些重要步骤？有没有其他方法可以执行外部程序？

如有任何建议，我们将不胜感激。

Answer 1

换行是问题，试试

<?php

exec('\
/path/to/blastx \
-query /path/to/PAO1.fasta \
-db /path/to/VFDB_setB_pro \
-evalue 0.0001 \
outfmt 6 \
-out /path/to/output.tsv \
');

编辑

由于无法跟踪，所以我展示了过程

1-输入数据

cat seq.fa #NUCLEOTIDES

>seq_1
GGCAGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGCAGCTTGCTGCTTTGCT
GACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGAT
AACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAATGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGA

cat database.fa #PROTEINS

>KDG85104.1 hypothetical protein AE17_03267, partial [Escherichia coli UCI 58]
PVVIPLHQAVSQTLLTRPPLVSKAASCFLLPFDLHVLGLPPAFNLSHDQTLQFKSLMLKELNFVMNYVFTLETWYSFFVL
RR
>EUM99718.1 hypothetical protein L347_09473, partial [Enterobacter sp. MGH 1]
VVIPLHQAVSQTLLTRPPLVSEAASCFLLPFDLHVLGLPPAFNLSHDQTLQFKSLMLNELNFVMNYVFTR
>CSD41531.1 Uncharacterised protein [Vibrio cholerae]
MADHPLRPARDRRLGEPLPHQLANPTWAYPVAQGPKVPCFALARLCGISHRFQWLSPSTGQFPRHYSPVRRSPPKEQVPL
CCRSTCMC

2-格式化数据库

makeblastdb -in database.fa -dbtype prot -out database

3- bash 脚本

cat myscript.sh

path_to_blast/blastx -query path_to_query/seq.fa -db path_to_db/database -evalue 0.0001 -outfmt 6

4- php 脚本

cat blast.php

<?php
exec('sh myscript.sh', $output, $return_var);
print_r($output);
echo "$return_var\n";

5-运行它，

php blast.php

你明白了，

Array
(
    [0] => seq_1    KDG85104.1  100.00  38  0   0   118 5   1   38  1e-24   77.0
    [1] => seq_1    EUM99718.1  97.30   37  1   0   115 5   1   37  2e-23   73.6
    [2] => seq_1    CSD41531.1  70.59   51  15  0   162 10  38  88  1e-22   72.0
)
0

在 PHP 中执行外部 BLAST 程序

Execute an external BLAST program in PHP

php

bioinformatics

exec

blast

centos7