通过命令行参数在脚本中设置 PBS/Torque/qsub 参数

Question

我希望能够通过脚本轻松更改提交给 qsub 的 nodes、ppn 等数量。也就是说，我想要运行像这样的东西：

qsub script.sh --name=test_job --nodes=2 --ppn=2 --arg1=2

使用如下脚本：

#/bin/bash
#PBS -N ${NAME}
#PBS -l nodes=${NODES}:ppn=${PPN},walltime=${WALLTIME}
#PBS -q ${QUEUE}
#PBS -m ${MAILOPTS}
#PBS -M ${EMAIL}

/some/command ${ARG1}

所以，我希望能够传递既能改变 PBS 环境又能改变可执行文件本身的参数。

我试过使用 qsub 的 -v 参数：

qsub script.sh -v NAME=test_job,NODES=16,PPN=16,ARG1=2

但是提交的作业名称为 script.sh 和 1 node, 1 ppn.

有什么解决方案吗？

Answer 1

在 Torque 中，当在命令行上指定匹配参数时，所有 #PBS 参数都会被覆盖。例如，如果您的脚本具有：

#PBS -l nodes=2

您可以提交：

qsub script.sh -l nodes=4

并且命令行将优先于脚本。文档有 complete list 个命令行参数。

Answer 2

@dbeer 的回答让我有了更多的了解。我的问题解决方法如下：

#PBS 参数被命令行覆盖。在这种情况下，PBS 的参数和脚本本身必须分开。因此，与其尝试做类似的事情：

#PBS -l nodes=${NODES}:ppn=${PPN},walltime=${WALLTIME}

/some/command ${ARG1}

在脚本中运行喜欢

qsub script.sh -v NODES=2,PPN=2,WALLTIME=160:00:00,ARG1=2

这些都可以用 args 设置为 qsub 本身：

qsub script.sh -l nodes=2:ppn=2,walltime=160:00:00

然后，任何需要传递给可执行文件的参数都可以通过 -v 参数传递给 qsub:

qsub script.sh -l nodes=2:ppn=2,walltime=160:00:00 -v ARGS1=2

通过命令行参数在脚本中设置 PBS/Torque/qsub 参数

Setting PBS/Torque/qsub parameters in script via command line arguments

bash

qsub

pbs

torque