我正在尝试反向补充 fasta DNA 序列

Question

我一直在尝试反向互补fasta DNA序列。这是我的代码：

fastafile=open('sequence (3).fasta','r')
entries=[]
reverse=""
sequence=['A','T','G','C','N']
for line in fastafile:
    if not line.startswith('>'):
        line = line.split()
        entries.append(line)
print entries
for index in range(0,len(entries[::-1])):
    if index !=sequence:
        print "this is not a valid nucleotide"
        break
    else:
        if index=='A':
            reverse+='T'
        elif index=='T':
            reverse+='A'
        elif index=='C':
            reverse+='G'
        elif index=='G':
            reverse+ 'C'
        elif index=='N':
            reverse+='N'
print reverse

每次我得到输出时，这都不是一个有效的核苷酸，即使我打印的条目显示它有顺序的项目。这是我打印条目时的输出示例；

[['GCTCCCCTGAGGTTCGGCACCCACACTCCCTTCCCAGGAGCTCGCGATGCAAGAGCCACAGTCAGAGCTC'], ['AATATCGACCCCCCTCTGAGCCAGGAGACATTTTCAGAATTGTGGAACCTGCTTCCTGAAAACAATGTTC'], ['TGTCTTCGGAGCTGTGCCCAGCAGTGGATGAGCTGCTGCTCCCAGAGAGCGTCGTGAACTGGCTAGACGA']

如何解决这个问题？我只想补充一点，大约 2 个月前我才开始认真地使用 python 编程，所以我仍在学习和改进。谢谢！

Answer 1

你的循环语句是：

for index in range(0,len(entries[::-1])):

这将遍历条目的长度，即 0, 1, 2, 3, ..., len(entries)。

当你做 if index != sequence 时，你实际上是在比较一个整数和一个列表，比如 if 3 != ['A', 'C', 'T', 'G']。我假设你可以看到这没有意义。您可能想要做的是查看序列中的核苷酸是否是有效核苷酸，因此它在 sequence 列表中。你可以这样做：

if entries[::-1][index] in sequence # Will be true if the nucleotide at entries[::-1][index] is inside sequence

说两句：

第一个，你不必范围到len(entries[::-1])，它和len(entries)
其次，更重要的是，有一个专门为生物信息学构建的实际模块。它被称为Biopython。它具有特殊的对象和功能。例如，您的问题可以按如下方式解决：

-

from Bio.Seq import Seq

dna = Seq("ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG")
print dna.reverse_complement()

输出： CTATCGGGCACCCTTTCAGCGGCCCATTACAATGGCCAT

我正在尝试反向补充 fasta DNA 序列

I am trying to reverse complement a fasta DNA sequence

python

reverse

complement

dna-sequence

fasta