当 R 中的卡方检验生成警告时，如何执行 Fisher 精确检验`fisher.test()`？

Question

我在 R 中有一个名为 df 的数据框。对于数据框中恰好是一个因素的每个变量，我想执行按受试者性别分层的卡方检验并保存结果 p 值。我已经编写了代码来执行此操作，如下所示。

sapply(df, function(x) if(class(x) == "factor") { chisq.test(table(df$Sex, x))$p.value } )

问题是，当我运行这段代码时，我得到以下信息：

There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
warnings()
Warning messages:
1: In chisq.test(table(df$Sex, x)) : Chi-squared approximation may be incorrect

当卡方检验生成警告时，如何修改我的原始代码以改为执行 Fisher 精确检验 fisher.test()？我不确定如何让代码在发生警告时识别。谢谢！

Answer 1

使用 tryCatch 这些方面的内容可能会有所帮助：

dat = data.frame(x=c(1,0,1,0,1,0,1,1),y=c("A","B","B","A","A","B","A","A"))

#this table is sure to throw a warning
tab = table(dat)
chisq.test(tab)
fisher.test(tab)


#Important part
tryCatch({
  chisq.test(tab)$p.value
}, warning = function(w) {
  fisher.test(tab)$p.value
})

编辑：如果还希望通过抛出 NA 来绕过错误，则可以修改以上内容：

tryCatch({
  chisq.test(tab)$p.value
}, warning = function(w) {
  fisher.test(tab)$p.value
}, error = function(e) {
  NA
})

当 R 中的卡方检验生成警告时，如何执行 Fisher 精确检验`fisher.test()`？

How to perform a Fisher's exact test `fisher.test()` when a warning is generated by the Chi square test in R?

statistics

r

function

compiler-warnings

chi-squared