如何在 bash 的巨型数字中只保留某些数字？

Question

我有一个包含基因型的大文件。基本上，一行是一个基因座（或 SNP）和一列（所有数字连接在一起形成一个巨大的数字，但一列中的一个数字对齐是 1 个。在这个例子中，我连续有 96 个数字，所以96 个人）。这是一个例子：

921212922222222212292222229222221222211222222222222219929222292222922229919922222222222222292292
929111221111111221191211222912222221111210229921222129929222291221921219929992122122222211292299
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222222221122122922122222112212212221222122221922999229222229222212992221222222221222222222222212
222222222292212221291112192222122121922122222122229212222221212212922221222122122912222922222111
222222921222222922292222122222922222229222122291299122922222229222922229229222219222292222122222

我只想保留某些 "columns here"，但由于它是一个数字，我需要将其剪切，将其放在不同的列中，然后将所有内容连接起来以具有相同的格式，但我使用的是 2 列需要。

例如，如果我 select 第 1 列和第 3 列，最终结果应为：

我试过了（上面的数据在output.geno）：

cat ~/Desktop/output.geno| awk '{ print  }'
echo ~/Desktop/output.geno | grep -o ""

如果你想玩这个，这里有一个玩具数据集：

echo "921212922222222212292222229222221222211222222222222219929222292222922229919922222222222222292292
929111221111111221191211222912222221111210229921222129929222291221921219929992122122222211292299
292222922212222122292222222222921122222222921219222222912222299199922222912222222222221222292229
222222221122122922122222112212212221222122221922999229222229222212992221222222221222222222222212
222222222292212221291112192222122121922122222122229212222221212212922221222122122912222922222111
222222921222222922292222122222922222229222122291299122922222229222922229229222219222292222122222" > ~/Desktop/output.geno

Answer 1

尝试：

awk '{print }' FS= output.geno

相当于：

awk 'BEGIN{FS=""}{print }' output.geno

您需要将 FS（字段分隔符）设置为空

Answer 2

您可以使用 cut:

cut -c 1,3 output.geno

给出：

Answer 3

@M。 Beausoleil，@Try（虽然还没有测试过）：

awk '{print substr([=10=],1,1) substr([=10=],3,1)}'   Input_file

简单，取出第1位和第3位打印出来

如何在 bash 的巨型数字中只保留某些数字？

How to keep only certain numbers in a giant number in bash?

bash

unix

awk

cut