在 python 脚本中引入 YAML 字符串

Question

我正在开发一个 python 代码，能够读取 YAML 文件并在 PySB 中生成基于规则的模型。

YAML 文件中的新规则指定如下：

--- !rule
name: L_binds_R
reaction:
    L(unbound) + R(inactive) >> L(bound)%R(active)
rates:
    - Kf

用这个我在python中创建了一个pyyaml对象（pyyaml是一个在python中使用yaml的包）并且反应属性被存储为一个字符串。

那么pysb中的规则需要指定为：

# Rule(name, reaction, constant)
Rule('L_binds_R', L(unbound) + R(inactive) >> L(bound)%R(active), kf)

我的问题在于 yaml 中的 'reaction' 字段作为字符串存储在 python 对象中，但 pysb 不接受纯文本以外的任何其他格式。

我已经在 PySB 中检查过，反应字段在任何情况下都不能是字符串，我没有找到如何在 YAML 中转义变量的格式。

有解决问题的办法吗？

Answer 1

您可以通过以下两种方式之一解决此问题：重组您的 YAML 查找以标记化反应规则，或使用 Python 中的 eval。

标记化反应规则

最好的方法是构建您的 YAML 文件，以便您的反应规则已经在单个标记中指定，而不是整个反应仅在一个字段中指定，例如

--- rule!
name: L_binds_R
reaction:
    reactant:
        name: L
        site: b
    reactant:
        name: R
        site: b
            state: inactive         
    product:
        name: L
        site: b
            bond: 1
    product:
        name: R
        site: b
            bond: 1
            state: active
    fwd_rate: kf

然后您可以编写解析器将其转换为以下 PySB 规则，使用 PySB 核心中的类构建 ReactionPattern（MonomerPattern、ComplexPattern 和等等）：

Rule(‘L_binds_R’, L(b=None) + R(b='inactive') >> L(b=1) % R(b=(‘active’, 1)), kf)

如果您可以控制 YAML 的来源代码，您可能会发现直接输出 PySB 代码或者写入 SBML 这样的标准会更容易，PySB can now read.

您可能会发现查看我写的 PySB BioNetGen language (BNGL) parser 很有帮助，它从 BioNetGen XML 文件创建了一个 PySB 模型，作为如何从外部文件创建模型的示例.

使用`eval`

替代方法是使用 eval。虽然这是更简单的解决方案，但出于安全原因，强烈反对*。但是，如果 YAML 文件都是由 you/your 自己的代码生成的，而您只想快速修复，那么就可以了。

举个例子：

# You would read these in from the YAML file, but I’ll just define
# the strings here for simplicity
reaction_name = "L_binds_R"
reaction_str = "L(b=None) + R(b='inactive') >> L(b=1) % R(b=('active', 1))"
reaction_fwd_rate = "Kf"

Rule(reaction_name, eval(reaction_str), eval(reaction_fwd_rate))
# Python output 
# (assumes Monomers L and R and parameter Kf are already defined):
# >>> Rule('L_binds_R', L(b=None) + R(b='inactive') >> L(b=1) % R(b=('active', 1)), Kf)

*考虑您的 YAML 包含类似内容的情况：

reaction:
    import shutil; shutil.rmtree('~')

导入该 YAML 文件并 evaling 该字段会删除您的主目录！ eval 将根据定义执行任意 Python 代码。它只应在源文件完全受信任的情况下使用。一般来说，你应该总是 "sanitise your inputs"（假设输入是危险的，除非证明不是这样）。

在 python 脚本中引入 YAML 字符串

Introducing a YAML string in a python script

python

yaml

python-2.7

pysb

标记化反应规则

使用`eval`

在 python 脚本中引入 YAML 字符串

Introducing a YAML string in a python script

python

yaml

python-2.7

pysb

标记化反应规则

使用eval

使用`eval`