次要等位基因频率匹配？

Minor allele frequency matching?

我有一个SNP列表，我已经从1000 genomes pilot 1中获得了他们的带有MAF和LD的代理SNP。我想知道当每个人提到MAF匹配时，它们是否需要完全相同？

比如感兴趣的SNP的MAF为0.35，如果proxy SNP的MAF为0.37，是否可以作为一个好的proxy？鉴于两者的 LD >0.8

一定要选择 MAF 等于 0.35 的代理吗？

由 R-sq 测量的 LD 取决于 MAF，即高 R-squared 意味着 MAF 相似。参见：

因此，非常高的 R 平方通常意味着 SNP 之间的 MAF 相似。

此外，代理 SNP 的选择通常仅取决于 LD 测量。如前所述，MAF 在计算中是 "incorporated"，因此不需要匹配它。如果您有多个具有相同 LD 的代理，则选择一个具有最相似 MAF 的代理。