R包安装失败找不到现有的dylib

Question

将 R 安装到自定义位置 (./configure --prefix=$HOME/RTargets/3.3)。这很好，但是 install.packages('devtools') 失败了。消息是：

installing via 'install.libs.R' to /Users/me/Library/R/3.3/library/stringi
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/Users/me/Library/R/3.3/library/stringi/libs/stringi.so':
  dlopen(/Users/me/Library/R/3.3/library/stringi/libs/stringi.so, 6): Library not loaded: libicui18n.58.dylib
  Referenced from: /Users/me/Library/R/3.3/library/stringi/libs/stringi.so
  Reason: image not found
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/Users/me/Library/R/3.3/library/stringi’

但是，这个文件存在：

/usr/local/lib>ls -l libicui18n*
-rwxr-xr-x  1 eqiaz44  admin  2679892 Mar  2 23:50 libicui18n.58.1.dylib
lrwxr-xr-x  1 eqiaz44  admin       21 Nov 11 14:14 libicui18n.58.dylib -> libicui18n.58.1.dylib
lrwxr-xr-x  1 eqiaz44  admin       21 Nov 11 14:14 libicui18n.dylib -> libicui18n.58.1.dylib

我不明白为什么包的加载过程找不到默认位置的 dylib 文件。我无法检查 stringi.so 文件引用的外观，因为它已被删除。

有没有办法告诉 R 在安装失败或发生这种情况的某些原因时不要删除文件？

Answer 1

使用：

./configure --prefix=$HOME/RTargets/3.3 --enable-R-shlib

您需要在设置使用自定义目录时启用共享库选项。

推荐阅读：RStudio Building R from Source

https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/218004217-Building-R-from-source

Answer 2

我多次尝试完全删除 R 并重新安装它，但没有成功。即使不将 R 构建为共享库并仅使用默认配置设置，问题仍然存在。我确认以下解决方案在构建标准安装和共享库时有效。

看到倒数第二段后，我能够让这个工作正常进行 here

出于某种原因，R 函数 dyn.load(...) 似乎没有使用标准 OS (Mac Sierra) 库路径。我能够通过修改 R 在加载库时使用的路径来使其工作。

RHOME/etc/ldpaths 中的脚本顶部如下所示：

if test -n ""; then 
: ${R_LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib:}
else
: ${R_LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib}
fi

我添加了加载库的位置，重新启动 R 并安装了包

if test -n ""; then
: ${R_LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:${R_HOME}/lib:}
else
: ${R_LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:${R_HOME}/lib}
fi

R 配置脚本（我在 3.3.1 和 3.3.2 上试过）在检测到 Darwin 时跳过配置 R 库路径。它有一条注释，说明脚本假定默认值 OS path lookup 将正常发生，设置任何值都会改变其行为。

我不确定断开连接的位置：这是 dyn.load 的错误、OS 行为的变化还是其他原因。通过在 ./configure 或 make 阶段设置变量可能有更好的方法来解决这个问题，但我无法解决这个问题。

R包安装失败找不到现有的dylib

R package installation fails cant find existing dylib

r

dylib

r-package