如何使用 matlab 正确镶嵌细胞图像？

Question

我有下面这张胰腺细胞照片

我想做的是能够获得每个细胞的膜（红色细丝），然后进行镶嵌以了解细丝的长度。到目前为止，我已经尝试使用 matlab 网站上给出的示例，但结果并不是很好...

 I = imread('picture.tiff');
 I_gray = rgb2gray(I);
 [~, threshold] = edge(I_gray, 'sobel');
 fudgeFactor = .5;
 BWs = edge(I_gray,'sobel', threshold * fudgeFactor);
 se90 = strel('line', 3, 90);
 se0 = strel('line', 3, 0);
 BWsdil = imdilate(BWs, [se90 se0]);

我一直在寻找其他方法来做，但没有任何令人满意的结果...有没有办法做到这一点？也许除 matlab 之外的其他软件可能更有效。提前谢谢你！

Answer 1

我不确定这是否能让您更接近问题的解决方案，但我会做这样的事情。请注意，这是一种非常简单和幼稚的方法：

image = imread('picture.tiff'); % load image
image = rgb2hsv(image); % convert to hsv colorspace
image = image(:,:,1); % take the hue channel

binary_im = imbinarize(image); % make binary image

二进制图像应如下所示：

现在您可以使用数学形态学来消除噪声。您首先创建一个结构元素，然后将其与二值图像进行卷积：

str_el = strel('disk', 5, 0); % create a round, 5px radius, str_el
closed_im = imclose(binary_im, str_el); % close image with str_el

现在您的新图片应该如下所示：

此时可以使用另一种寻找骨架的形态学操作：

skeleton = bwmorph(closed_im, 'skel', Inf); % Find skeleton image

骨架图像看起来像这样：

当然，这种方法远非精确，但可以为您提供有关灯丝长度的总体信息，特别是如果您可以去除最终的噪音（骨架的那些附件）。

Answer 2

我对单元格或曲面细分等一无所知。但是如果你想检测非均匀背景中的那些斑点，那么我可能会有所帮助。由于背景不均匀，您需要单独分析斑点。你不能只设置一个固定的阈值来一次检测所有的斑点。首先，您将单独检测每个斑点，然后使用单独的阈值。这是例子

原图

im=imread('gxGkH.jpg');
figure,imagesc(im);axis image;

我只选择蓝色进行分析

imb=im(:,:,3);
figure,imagesc(imb);axis image;

1) 模糊图像，因为模糊后的斑点会有局部 maxima/minima 在他们的中心

sigma=7;
kernel = fspecial('gaussian',4*sigma+1,sigma);
im2=imfilter(imb,kernel,'symmetric');

figure,imagesc(im2);axis image;

2) 使用分水岭变换分离每个斑点区域

% L = watershed(im2);
L = watershed(max(im2(:))-im2);
[x,y]=find(L==0);

划清界限

figure,imagesc(im2),axis image
hold on, plot(y,x,'r.')

3) 在这里我单独分析每个斑点并找到一个 otsu 阈值每个斑点，然后我检测斑点并结合所有检测结果

tmp=zeros(size(imb));

for i=1:max(L(:))
  ind=find(L==i);
  mask=L==i;
  [thr,metric] =multithresh(imb(ind),1);
  if metric>0.7
    tmp(ind)=imb(ind)>thr;
  end
end

去除一些噪音

tmp=imopen(tmp,strel('disk',1));
figure,imagesc(tmp),axis image

如果背景的对比度比斑点高，则不需要在分水岭变换中反转图像。

如何使用 matlab 正确镶嵌细胞图像？

How to properly tesselate a image of cells using matlab?

image

matlab

cells

tesselation