使用孤立节点创建 igraph

Question

我有一个类似的问题：Reading adjacency lists with isolated nodes using igraph

我想绘制一些没有关系的节点。但是由于某种原因，上面线程中提到的解决方案不起作用

我的数据

data <- data.frame(ID = c(143918,176206,210749,219170,247818,314764,321459,335945,339637,700689,712607,712946,735907,735907,735907,735907,735907,735907,735908,735908,735908,735908,735908,735908,735910,735911,735912,735913,746929,746929,747540,755003,767168,775558,776656,794173,794175,807493), relation = c(111098,210749,176206,NA,NA,NA,NA,NA,NA,807493,NA,NA,735908,735910,735911,735912,735913,767168,735907,735910,735911,735912,735913,767168,NA,NA,NA,NA,NA,100723,NA,NA,NA,776656,775558,NA,NA,700689))

这应该会产生一个也显示孤立节点的图：

v<-unique(data[,1])
e <- na.omit(data)

g<-graph.data.frame(e, vertices = v, directed = T)
plot(g)

出于某种原因，我得到了错误："Some vertex names in edge list are not listed in vertex data frame"。

我希望有人能告诉我我做错了什么以及如何解决这个问题。谢谢

编辑： paqmo 回答了我的问题，谢谢！

但是我的任务需要不同的方法。在关系中但在第一行中丢失的 ID 是位于不同位置的人。那些应该被省略，同时保留第一行的每个孤立的人。我的解决方案现在使用 data.table：

v <- unique(c(data[,1]))
v <- as.data.frame(v)
e <- data
setDT(v);setDT(e)
setkey(v)
setkey(e, relation)
e <- e[v]
e <- na.omit(e)
g<-graph.data.frame(e, vertices = v, directed = T)
plot(g)

任何关于 better/more 有效解决方案的建议都将受到欢迎。

Answer 1

您似乎在尝试提供两次顶点名称，即一次用于 e 中的第一列，然后再次作为参数 vertices = v。

也许您真正要找的只是

g <- graph.data.frame(e, directed = T)
plot(g)

Answer 2

您需要根据对象 data 的列定义顶点列表。一些顶点在第 1 列中，一些在第 2 列中。您缺少第 2 列中的那些。

您可以使用 %in% 进行检查：

> c(e[,1], e[,2]) %in% v
 [1]  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE
[19]  TRUE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE
[37] FALSE  TRUE  TRUE  TRUE

如您所见，e 中有 2 个元素不在 v 中。因此，您会收到同样多的错误消息。

通过取 data 中两列的唯一值，减去 NA，创建顶点列表 v。

data <- data.frame(ID = c(143918,176206,210749,219170,
                          247818,314764,321459,335945,
                          339637,700689,712607,712946,
                          735907,735907,735907,735907,
                          735907,735907,735908,735908,
                          735908,735908,735908,735908,
                          735910,735911,735912,735913,
                          746929,746929,747540,755003,
                          767168,775558,776656,794173,
                          794175,807493), 
                   relation = c(111098,210749,176206,
                                NA,NA,NA,NA,NA,NA,807493,
                                NA,NA,735908,735910,735911,
                                735912,735913,767168,735907,
                                735910,735911,735912,735913,
                                767168,NA,NA,NA,NA,NA,100723,
                                NA,NA,NA,776656,775558,NA,NA,700689))

v <- unique(c(data[,1], data[,2])) #Define v from both columns in data
v <- na.omit(v)
e <- na.omit(data)

g<-graph.data.frame(e, vertices = v, directed = T)
plot(g)

使用孤立节点创建 igraph

creating igraph with isolated nodes

r

igraph