如何在 R 中的 dplyr 链中添加进度条

Question

我喜欢 dplyr 的 "progress_estimated" 功能，但我不知道如何让进度条在 dplyr 链中工作。我在底部放了一个可重现的代码示例。

我有一个相当大的 data.frame 像这样:

                cdatetime latitude longitude   
1 2013-01-11 06:40:00 CST 49.74697 -93.30951
2 2013-01-12 15:55:00 CST 49.74697 -93.30951 
3 2013-01-07 20:30:00 CST 49.74697 -93.30951

并且我想使用库计算每个日期的日出时间

library(dplyr)
library(StreamMetabolism)

我可以让 dplyr 的 progress_estimated 条在循环中工作，例如：

丑陋的循环（有效）

p <- progress_estimated(nrow(test))

for (i in 1:nrow(test)){
  p$tick()$print()
  datetime = as.POSIXct(substr(test$cdatetime[i], 1, 20), tz = "CST6CDT")
  test$sunrise[i] <- sunrise.set(test$latitude[i], test$longitude[i], datetime, "CST6CDT", num.days = 1)[1,1]
}

但是我怎样才能将它嵌套在我的函数中，这样我就可以避免使用循环？

更喜欢使用：

SunriseSet <- function(dataframe, timezone){
  dataframe %>% 
    rowwise() %>% 
    mutate(# calculate the date-time using the correct timezone
      datetime = as.POSIXct(substr(cdatetime, 1, 20), tz = timezone),
      # Get the time of sunrise and sunset on this day, at the county midpoint
      sunrise = sunrise.set(latitude, longitude, datetime, timezone, num.days = 1)[1,1])
}

这里如何获取进度条？

test2 <- SunriseSet(test, "CST6CDT")

下面是一些示例数据：

test <- data.frame(cdatetime = rep("2013-01-11 06:40:00", 300),
                   latitude = seq(49.74697, 50.04695, 0.001),
                   longitude = seq(-93.30951, -93.27960, 0.0001))

Answer 1

我不太喜欢我的解决方案，但它确实有效。

print_tick_function <- function(x, p) {
  p$tick()$print()
  data.frame(x)
}

SunriseSet <- function(dataframe, timezone){
  p <- progress_estimated(nrow(dataframe))
  dataframe %>% 
    rowwise() %>% 
    do(print_tick_function(.,p)) %>%
    mutate(
      datetime = as.POSIXct(substr(cdatetime, 1, 20), tz = timezone),
      sunrise = sunrise.set(latitude, longitude, datetime, timezone, num.days = 1)[1,1]
    )
}
test2 <- SunriseSet(test, "CST6CDT")

Answer 2

与其使用 rowwise()，不如尝试将 purrr 中的 map* 函数与 progress_estimated() 配对。这个答案遵循 https://rud.is/b/2017/03/27/all-in-on-r%E2%81%B4-progress-bars-on-first-post/.

的方法

首先，将您的函数包装在另一个更新进度条的函数中：

SunriseSet <- function(lat, long, date, timezone, num.days, .pb = NULL) {
  if (.pb$i < .pb$n) .pb$tick()$print()
  sunrise.set(lat, long, date, timezone, num.days)
}

然后，使用 pmap 或 pmap_df 遍历您的输入（将输出绑定到数据帧中）：

library(purrr)
pb <- progress_estimated(nrow(test), 0)
test2 <- test %>% 
  mutate(
    sunrise = pmap_df(
      list(
        lat = latitude, 
        long = longitude,
        date = as.character(cdatetime)
      ),
      SunriseSet,
      timezone = "CST6CDT", num.days = 1, .pb = pb
    )$sunrise
  )

如何在 R 中的 dplyr 链中添加进度条

How to add progress bar inside dplyr chain in R

r

progress-bar

dplyr