限制绘图的 PCA 变量

Question

我正在对数据集进行 PCA 分析。我在变量上得到 92 倍的 PCA。我只想用前两个 PCA 组件绘制它。 PCA1 和 PCA2。

谁能帮我解决这个问题？

双标图只显示两个吗？或者我对这些解释有点困惑。如果是这样，它仅适用于 2 个组件，那么我该如何绘制 PCA3 和 PCA4。

请在下面找到我的代码。

  prin_comp <- prcomp(data_wide.pwy_idx, scale. = T)
  names(prin_comp)
  prin_comp$center
  prin_comp$scale
  prin_comp$rotation[1:5,1:92]
  biplot(prin_comp, scale = 0)

正在附加 PCA 组件、变量和双标图。

Answer 1

是的，您只看到前两个主成分在 x 标签和 y 标签上注意到它们。假设您想绘制任何其他主成分对，您必须使用 choices 参数。

biplot(prin_comp, choices = 3:4,scale = 0)  
# to plot the third and fourth components

Answer 2

看看?biplot.princomp...

使用 biplot(prin_comp, scale = 0, choices=c(3,4)) 绘制第 3 和第 4 个分量。

限制绘图的 PCA 变量

Limiting the PCA variables for Plotting

plot

r

pca