R: source() 和源文件路径

Question

关于 R 中的 source() 命令，肯定有一些我不明白的地方。我对它还是个新手，但我终其一生都无法理解它是如何从中获取目录的！我的问题是：

我有一个包装脚本 wrapper.R 和一个包含一些函数的源文件 functions.R。这两个都在同一个目录中。如果我在包装脚本中调用 source('functions.R')，同时站在两个文件所在的目录中，一切都很好。但是，我希望能够从某个 other 目录运行我的 wrapper.R 脚本，即不是那个目录这些脚本位于。如果我运行我的另一个目录的包装器，它不起作用，我得到一个 cannot open the file 错误。

我用谷歌搜索并发现了很多不同的线程，但 this question 似乎很清楚。按照我的理解，我的做法 应该可行 。显然，我误会了什么。我对该线程的阅读让我相信 source() 在调用 source() 的文件所在的目录上工作。我的阅读也让我相信我不应该使用 chdir = TRUE，因为我想保留广告的相对目录。

看来它不起作用...我误会了什么？当从其他地方调用时，如何将源文件与我的包装脚本放在同一目录中？

Answer 1

也许您可以在 wrapper.R 中定义一个辅助函数，它会尝试从同一目录加载其他文件。例如

source_here <- function(x, ...) {
    dir <- "."
    if(sys.nframe()>0) {
        frame <- sys.frame(1)
        if (!is.null(frame$ofile)) {
            dir <- dirname(frame$ofile)
        }
    }
    source(file.path(dir, x), ...)
}

然后你会打电话给

# inside wrapper.R
source_here("functions.R")

然后您将只有源 wrapper.R，它将在同一目录中查找 functions.R。

Answer 2

如果您要将脚本分发给同事，您真的不应该编写引用其他脚本的脚本。如果您想重命名或移动怎么办functions.R在将来？如果您需要修改 functions.R 中的函数，但 wrapper.R 依赖于该函数的旧版本怎么办？这是一个会引起头痛的脆弱的解决方案。我会推荐以下任何一种。

将所需的一切放入一个独立的脚本中并分发。
如果你真的想把代码分成不同的文件，写一个包。听起来可能有点矫枉过正，但包实际上可以非常简单和轻量级。在最简单的形式中，包只是一个包含 DESCRIPTION 和 NAMESPACE 文件以及 R/ 目录的目录。 Hadley 很好地对此进行了分解：https://r-pkgs.org/whole-game.html.

Answer 3

您可以使用 here 包执行此操作。它使用 "current working directory at the time when the package is loaded"。换句话说，您从中启动 R 会话的目录。

在您的情况下，代码为：

source(here::here('functions.R'))

即使包装脚本 wrapper.R 位于项目中的不同目录中，这仍然有效。

如果functions.R在项目的子目录下，直接添加到here()的调用即可，完成相对路径：

source(here::here('subdirectory', 'functions.R'))

Answer 4

我还没有看到的一个答案是只使用绝对路径。当您 source("myfunctions.R") 时，它使用来自 getwd() 的隐式相对路径。使用完整路径以避免在更改工作目录时出现问题。但是，共享工作时，其他人必须自己更改所有路径。

Answer 5

source根本不支持这个。其他答案显示了一些在有限情况下有效但在某些（常见）情况下都失败的解决方法。特别是，chdir = TRUE 不是您自己指出的好选择。

更好的解决方案是从“box”包中 box::use。此包允许您将 R 源代码视为适当的模块。其中之一属性是模块可以加载本地模块。

在您的 wrapper.R 中，将 source 调用替换为

box::use(./functions[...])

或者，如果您想从 wrapper.R 模块中导出这些函数（而不是仅在内部使用它们），请改为执行以下操作：

#' @export
box::use(./functions[...])

并加载 wrapper.R 本身，使用

box::use(project/wrapper)

其中project为项目名称，需要与您的wrapper.R脚本所在的文件夹名称相对应。

请查阅 Get started 小插图，了解有关“盒子”模块用法的更多信息。

R: source() 和源文件路径

R: source() and path to source files

r

function

relative-path

chdir