未从 Additional_repositories 安装 R 包依赖项（重新访问）

Question

我正在尝试准备一个包以提交给 CRAN。在我的 DESCRIPTION 文件中，我在 Depends 和 Suggests 参数中包含了非 CRAN 包。为了告诉 R 在哪里可以找到非 CRAN 包，我包含了 Additional_repositories 参数；并且我在我的程序顶部包含一个 .onLoad 函数（即，在 'zzz.R' 中）。只要所有 Depends 和 Suggests 包都存在，我就能够在 RStudio 中构建和检查 (--as-cran)，警告、注释或错误为零。然后我使用 devtools::build() 在本地创建一个 .tar.gz 文件。

为了测试本地安装是否成功，我从计算机中删除了非 CRAN 软件包并尝试安装我创建的 .tar.gz 文件。然后我收到消息：

ERROR: dependency 'smwrQW' is not available for package 'baytrends'

我已通读

R package dependencies not installed from Additional_repositories
http://thecoatlessprofessor.com/programming/r-data-packages-in-external-data-repositories-using-the-additional_repositories-field/
How should I deal with "package 'xxx' is not available (for R version x.y.z)" warning?

不幸的是，上述错误仍然存在。我对我正在使用的 url 很有信心，因为下面的 install.package 行在运行独立

时有效

install.packages('smwrQW',repos=c("http://owi.usgs.gov/R"),dependencies = TRUE)

DESCRIPTION 和 zzz.R 文件的适用位如下：

描述：

Date: 2017-03-15
Depends:
    R (>= 3.2.0),
    lubridate,
    mgcv,
    smwrQW
License: GPL-3
LazyData: TRUE
RoxygenNote: 6.0.1
Suggests:
    dataRetrieval,
    devtools,
    fitdistrplus,
    knitr,
    nlme,
    pander,
    plyr,
    rmarkdown,
    smwrBase,
    smwrGraphs,
    smwrStats,
    testthat
Additional_repositories: http://owi.usgs.gov/R
VignetteBuilder: knitr

zzz.R:

.onLoad <- function(libname = find.package("baytrends"), pkgname = "baytrends"){

  repos = getOption("repos")
  repos["USGS"] = "http://owi.usgs.gov/R"
  options(repos = repos)
  invisible(repos)

  # declaration of global variables (
  if(getRversion() >= "2.15.1")
    utils::globalVariables(c("begin", "methodsList"))
  invisible()

}

.onAttach <-  function(libname = find.package("baytrends"), pkgname = "baytrends"){
  packageStartupMessage("This software program is preliminary or provisional and is subject to revision. ")
}

Answer 1

您不能在 Depends: 或 Imports:.

中拥有来自非标准仓库的包

您可以将它们放入建议中：

有几个软件包可以做到这一点；您可以查看的是 hurricaneexposure which uses this to make a 'too-large-for-CRAN' data package hurricanexposuredata available from a repository created via drat.

因此您必须将 smwrQR 包移动到 Suggests: 然后对其进行测试。

Brooke 和我有一份关于此的草稿（正在审核中），如果您给我们留言，我们可以将其发送给您——它比简短的回答更详细地介绍了所有这些内容。

未从 Additional_repositories 安装 R 包依赖项（重新访问）

R package dependencies not installed from Additional_repositories (revisited)

submission

r

cran