在 Anaconda 中安装 Orange3：不匹配的 g++ 和 libstdc++

Question

我是运行 Fedora 25，gcc/g++/libstdc++ 版本 6.3.1。我也是运行 Anaconda 4.3.1版，自带libstdc++ 6.0.19.

当我在 Anaconda 下安装 Orange3 时（说 "pip install orange3"），一些文件是用 Fedoras g++ 编译的，但是 link 针对 Anacondas libstdc++ 编译的：

注意输出的第三行：

$ ldd ~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
linux-vdso.so.1 (0x00007ffe9b5a2000)
libpython3.6m.so.1.0 => /home/marhoy/anaconda3/lib/libpython3.6m.so.1.0 (0x00007efc3a6ef000)
libstdc++.so.6 => /home/marhoy/anaconda3/lib/libstdc++.so.6 (0x00007efc3a3d9000)
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007efc3a0ad000)
libgcc_s.so.1 => /home/marhoy/anaconda3/lib/libgcc_s.so.1 (0x00007efc39e97000)
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007efc39c79000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007efc398b1000)
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007efc396ad000)
libutil.so.1 => /lib64/libutil.so.1 (0x00007efc394aa000)
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00007efc392a2000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000055a3c43d1000)

这会导致问题，因为 6.3.1 和 6.0.19 之间存在差异。因此，当我尝试使用散点图小部件时，我得到：

_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: __cxa_throw_bad_array_new_length

如果我LD_PRELOAD Fedoras libstdc++，似乎一切正常。如果我在 Anaconda 之外安装 Orange3（通过使用 pip3 install --user orange3），它也可以工作。

我不从 conda 存储库安装 Orange3 的原因是它已经过时了。

所以：我如何针对我的 Fedora libstdc++ 制作 Orange 文件 link？

Answer 1

为什么 _grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so 从 ~/anaconda3/lib 中获取 libstdc++.so？因为 RPATH:

(root)# chrpath -l /conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
/conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: RPATH=/conda/lib

我猜，您可能安装了 conda 包 libgcc 而在使用 pip 安装 Orange3 时没有安装 conda 包 gcc。因此冲突。

您有以下选择：

删除 libgcc：conda remove -y libgcc

从 .so 文件中删除 RPATH

(root)# chrpath -d /conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
(root)# chrpath -l /conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
/conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so: no rpath or runpath tag found.

将RPATH转换为RUNPATH:

(root)# chrpath -c /conda/lib/python3.6/site-packages/Orange/widgets/utils/_grid_density.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so

以便您稍后可以通过执行以下操作来覆盖它：

LD_LIBRARY_PATH=/lib64 /path/to/python/program

构建您自己的程序包。

我强烈反对选项 2 或 3。只有当其他软件包不依赖于该软件包时，您才可以执行 1。最好的解决方案是做 4，或者使用 conda-forge（截至目前，它有 v3.4.0）。

$ pip uninstall Orange3
$ conda install -c conda-forge orange3

您可以在 https://github.com/conda-forge/orange3-feedstock/tree/master/recipe 查看 orange3 的配方，将其修改为您想要的最新版本 (v3.4.1) 并上传到您在 anaconda.org 上自己的频道！

在 Anaconda 中安装 Orange3：不匹配的 g++ 和 libstdc++

Installing Orange3 in Anaconda: Mismatching g++ and libstdc++

python

anaconda

orange

fedora-25