为什么JAGS需要至少两条链来计算DIC?
Why does JAGS require at least two chains to calculate DIC?
我想了解 JAGS 如何计算偏差和 Deviance Information Criterion (DIC)。
R 中 rjags
中的 dic.samples
函数在只有一个链时会抛出错误。
stop("2 or more parallel chains required")
计算DIC的公式涉及计算模型中参数的期望偏差和期望值处的偏差。我想这样的估计可以从单个链获得(尽管有时可能存在只能用多个链来识别的收敛问题)。
手册指出:
The pD monitor estimates the contribution to the effective number of
parameters (pD) [3] from an observed stochastic node by comparing the
deviance deviance across multiple chains [1]. It is created by using
the option type(pD). If the model has only one chain then a pD monitor
cannot be defined.
所以我的问题是:
- 为什么JAGS需要至少两条链来计算DIC?
- 或者更具体地说,为什么 pD 监视器需要两条链?
有许多不同的方法可以计算 pD - Martyn Plummer 在 'Bayesian measures of model complexity and fit' 论文的讨论中描述了 JAGS 使用的方法:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1467-9868.00353/abstract
获取 PDF,然后搜索 'Plummer' - 第一个结果给出了 JAGS 中使用的计算的详细信息。
我想了解 JAGS 如何计算偏差和 Deviance Information Criterion (DIC)。
R 中 rjags
中的 dic.samples
函数在只有一个链时会抛出错误。
stop("2 or more parallel chains required")
计算DIC的公式涉及计算模型中参数的期望偏差和期望值处的偏差。我想这样的估计可以从单个链获得(尽管有时可能存在只能用多个链来识别的收敛问题)。
手册指出:
The pD monitor estimates the contribution to the effective number of parameters (pD) [3] from an observed stochastic node by comparing the deviance deviance across multiple chains [1]. It is created by using the option type(pD). If the model has only one chain then a pD monitor cannot be defined.
所以我的问题是:
- 为什么JAGS需要至少两条链来计算DIC?
- 或者更具体地说,为什么 pD 监视器需要两条链?
有许多不同的方法可以计算 pD - Martyn Plummer 在 'Bayesian measures of model complexity and fit' 论文的讨论中描述了 JAGS 使用的方法: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1467-9868.00353/abstract
获取 PDF,然后搜索 'Plummer' - 第一个结果给出了 JAGS 中使用的计算的详细信息。