R - 黄土曲线未通过点正确拟合

Question

我正在尝试过滤掉太接近或低于黄土曲线的点：

结果如下所示：

显然不是想要的结果。

但是，如果我使用 scatter.smooth 函数，我会得到一条看起来正确的曲线：

如何通过我的数据正确拟合黄土曲线？

Answer 1

主要是检查predict函数是什么returns:

head(predict(afit))
[1] 0.8548271 0.8797704 0.8584954 0.8031563 0.9012096 0.8955874

它是一个向量，所以当我们将它传递给 lines 时，R 表示 "okay, you didn't specify an x value, so I'll just use the index for the x values"（尝试 plot(2:10) 了解我的意思）。

所以，我们需要做的是指定一个 2 列矩阵传递给 lines，而不是：

cbind(sort(means), predict(afit, newdata = sort(means)))

应该可以解决问题。你的函数可以写成：

FilterByVariance<-function(dat, threshold = 0.90, span = 0.75){
means <- apply(dat,1,mean) 
sds <- apply(dat,1,sd) 
cv <- sqrt(sds/means)

afit<-loess(cv~means, span = span)
resids<-afit$residuals
# good<-which(resids >= quantile(resids, probs = threshold)) 
# points above the curve will have a residual > 0
good <- which(resids > 0)
#plots

plot(cv~means)
lines(cbind(sort(means), predict(afit, newdata = sort(means))), 
      col="blue",lwd=3)
points(means[good],cv[good],col="red",pch=19)

}

R - 黄土曲线未通过点正确拟合

R - loess curve not fitted correctly through points

curve

regression

r

loess