扭矩 PBS 传递包含引号的环境变量

Question

我有一个 python 脚本。通常我会运行这样：

./make_graph data_directory "wonderful graph title"

我必须运行通过调度程序执行此脚本。我正在使用 -v 通过 qsub.

传递 python 脚本的参数

qsub make_graph.pbs -v ARGS="data_directory \"wonderful graph title\""

我尝试了很多 ', ", \" 转义的组合，但我就是做不好。 'wonderful graph title' 周围的引号总是丢失或损坏。

这是 pbs 脚本的摘录

if [ -z "${ARGS+xxx}" ]; then
        echo "NO ARGS SPECIFIED!"
        exit 1
fi

CMD="/path/make_graph $ARGS"
echo "CMD: $CMD"

echo "Job started on `hostname` at `date`"
${CMD}

将包含空格的字符串参数作为环境变量通过 qsub 传递的正确方法是什么？有一个更好的方法吗？也许这是一个更普遍的 bash 问题。

Answer 1

更新：此答案基于 SGE qsub 而不是 TORQUE qsub，因此 CLI 有所不同。特别是，TORQUE qub 似乎不支持直接参数传递，因此第二种方法不起作用。

这主要是正确引用的问题，与Grid Engine提交本身关系不大。如果你只是想修复你当前的脚本，你应该使用 eval "${CMD}" 而不是 ${CMD}。下面详细分析当你单独做 ${CMD} 时会发生什么（在分析中我们假设 path 没有什么好笑的）：

您的 qsub 命令行已处理并删除了引号，因此传递的 ARGS 环境变量是 data_directory "wonderful graph title".
你做了CMD="/path/make_graph $ARGS"，所以CMD的值是/path/make_graph data_directory "wonderful graph title"（我是在没有引号的情况下呈现字符串字面量，也就是字面值包含引号字符）。
你做到了 ${CMD}。 Bash 对此进行参数扩展，相当于：
1. 将 ${CMD} 扩展为其值 /path/make_graph data_directory "wonderful graph title"；
2. 由于没有引用${CMD}，进行分词，所以最后命令行有五个词：/path/make_graph、data_directory、"wonderful、graph、title"。最后四个被视为你的make_graph的参数，这当然不是你想要的。

另一方面，如果您使用 eval "${CMD}"，那么就像您在交互式 shell 中键入 /path/make_graph data_directory "wonderful graph title" 一样，这是所需的行为。

您应该在 Bash Reference Manual.

中阅读有关 eval、参数扩展等的更多信息

更正后的脚本：

#!/usr/bin/env bash
[[ -z ${ARGS+xxx} ]] && { echo "NO ARGS SPECIFIED!" >&2; exit 1; }

CMD="/path/make_graph ${ARGS}"
echo "CMD: ${CMD}"

echo "Job started on $(hostname) at $(date)" # backticks are deprecated
eval "${CMD}"

顺便说一句，要测试它，您不需要将它提交给网格引擎；只是做

ARGS="data_directory \"wonderful graph title\"" bash make_graph.pbs

好的，我只是指出了错误并进行了修补。但它真的是 "proper way" 将参数传递给 Grid Engine 作业吗？不，我不这么认为。参数就是参数，不应与环境变量混淆。 qsub 允许您直接传递参数（qsub 概要：qsub [ options ] [ command | -- [ command_args ]]），那么为什么在环境变量中对它们进行编码并最终担心引用？

这是编写提交脚本的更好方法：

#!/usr/bin/env bash
[[ $# == 0 ]] && { echo "NO ARGS SPECIFIED!" >&2; exit 1; }

CMD="/path/make_graph $@"
echo "CMD: ${CMD}"

echo "Job started on $(hostname) at $(date)" # backticks are deprecated
/path/make_graph "$@"

此处 "$@" 等同于 "" "" ... — 忠实地按原样传递所有参数（请参阅 Bash 参考手册中的 relevant section）。

不幸的是，虽然执行的命令是正确的，但打印的命令可能没有正确引用。例如，如果你这样做

qsub make_graph.pbs data_directory "wonderful graph title"

那么执行的是make_graph.pbs data_directory "wonderful graph title"，但是打印出来的CMD是make_graph.pbs data_directory wonderful graph title。据我所知，没有简单的方法来解决这个问题，因为无论如何进行分词，引号总是从参数中删除。如果打印的命令对你来说真的很重要，有两种解决方法：

使用专用的"shell escaper"（很容易自己写一个）在打印前引用参数；
使用另一种脚本语言，其中 shell 引用很容易获得，例如 Python (shlex.quote) 或 Ruby (Shellwords.shellescape).

扭矩 PBS 传递包含引号的环境变量

Torque PBS passing environment variables that contain quotes

bash

quoting

pbs

torque