R 从 model.frame 恢复原来的 data.frame

Question

在 R 中，您可以使用包含 log 或 sqrt 等转换的公式拟合 mgcv 包中的 GAM 模型，默认情况下 model.frame 是returned（仅在公式中指定的变量应用了转换）。

有什么方法可以恢复未转换的 data.frame？

示例：

reg <- mgcv::gam(log(mpg) ~ disp + I(hp^2), data=mtcars)

returns

> head(reg$model,3) log(mpg) disp I(hp^2) Mazda RX4 3.044522 160 12100 Mazda RX4 Wag 3.044522 160 12100 Datsun 710 3.126761 108 8649

但是，我想从模型的 model.frame

中获取这个 未转换的 数据集

mpg disp hp Mazda RX4 21.0 160 110 Mazda RX4 Wag 21.0 160 110 Datsun 710 22.8 108 93

一些背景知识：大多数模型的 predict() 函数的 newdata 参数需要未转换的数据，因此我无法将 model.frame 反馈回predict() 函数。我已经知道省略 newdata 参数将 return 拟合值。我的要求是模型对象给我返回原始数据。

Answer 1

编辑： 根据@李哲源 Zheyuan Li 的评论

以下方法取决于当前工作区或搜索路径中存在的原始数据。如果我们在更新模型之前删除原始数据，则会产生错误。

Error in is.data.frame(data) : object 'dat' not found

dat <- mtcars
reg <- lm(log(mpg) ~ disp + I(hp^2), data=dat)
head(reg$model,3)
#               log(mpg) disp I(hp^2)
# Mazda RX4     3.044522  160   12100
# Mazda RX4 Wag 3.044522  160   12100
# Datsun 710    3.126761  108    8649

# rm( dat )  ## uncomment this line and see error appears after update
reg <- update(reg, mpg ~ disp + hp, method = 'model.frame' )
head(reg)
#                    mpg disp  hp
# Mazda RX4         21.0  160 110
# Mazda RX4 Wag     21.0  160 110
# Datsun 710        22.8  108  93
# Hornet 4 Drive    21.4  258 110
# Hornet Sportabout 18.7  360 175
# Valiant           18.1  225 105

Answer 2

这是一种方法：使用 glm 而不是 lm，即使对于高斯数据也是如此。 glm return 比 lm 多了很多东西，包括原始数据框。

嗯，如果你问 mgcv 问题，你最好提供一个 mgcv 例子。

mgcv与glm有一致的标准。阅读 ?gamObject 以获得 gam 可以 return 的完整列表。如果您通过 gam 的 control 参数设置 keepData，您将看到它可以 return data。调用gam时，添加如下

control = gam.control(keepData = TRUE)

这是一个简单的、可重现的例子：

dat <- data.frame(x = runif(50), y = rnorm(50))
library(mgcv)
fit <- gam(y ~ s(x, bs = 'cr', k = 5), data = dat, control = gam.control(keepData = TRUE))
head(fit$model)  # model frame
head(fit$data)  # original data

Answer 3

我们可以从 'terms' 中提取 vars 并将其用于原始数据集的子集

head(mtcars[all.vars(reg$terms)], 3)
#               mpg disp  hp
#Mazda RX4     21.0  160 110
#Mazda RX4 Wag 21.0  160 110
#Datsun 710    22.8  108  93

或者用call

v1 <- all.vars(reg$call)
head(get(tail(v1, 1))[head(v1, -1)], 3)
#               mpg disp  hp
#Mazda RX4     21.0  160 110
#Mazda RX4 Wag 21.0  160 110
#Datsun 710    22.8  108  93

R 从 model.frame 恢复原来的 data.frame

R Recover original data.frame from model.frame

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linear-regression

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mgcv