S4 class [（子集）带有附加参数的继承

Question

这是 Using callNextMethod() within accessor function in R 的扩展。

2017-03-25 更新：为了说明这仅在加载方法时失败，而不是在构建包中时失败，我创建了一个虚拟包：https://github.com/zkamvar/inheritest#readme

基本问题：

我有一个 class bar 继承了另一个 class foo，并且它们都有用于 [ 方法的附加参数。 foo 的方法始终有效，但 bar 的方法在第一次使用后失败。

错误和回溯：

Error in callNextMethod(x, i, j, ..., drop): bad object found as method (class "function")

4: stop(gettextf("bad object found as method (class %s)",  dQuote(class(method))), 
   domain = NA)
3: callNextMethod(x, i, j, ..., drop) at #9
2: .local(x, i, j, ..., drop = drop)
1: BAR["x"]

最小工作示例：

foo <- setClass("foo", representation(x = "numeric", y = "numeric"))
bar <- setClass("bar", representation(distance = "numeric"), contains = "foo")

setMethod(f = "[", signature = signature(x = "foo", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"), 
  definition = function(x, i, j, ..., foo = TRUE, drop = FALSE) {
    if (foo) 
      message("FOOOOOOO")
    if (i == "x") {
      return(x@x)
    } else {
      if (i == "y") {
        return(x@y)
      }
    }
  })
#> [1] "["

setMethod(f = "[", signature = signature(x = "bar", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"), 
  definition = function(x, i, j, ..., bar = TRUE, drop = FALSE) {
    if (bar) 
      message("BAAAAAAR")
    if (i == "distance") {
      return(x@distance)
    } else {
      callNextMethod(x, i, j, ..., drop)
    }
  })
#> [1] "["

FOO <- new("foo", x = 1, y = 4)
BAR <- new("bar", x = 1, y = 4, distance = 3)
FOO["x"]
#> FOOOOOOO
#> [1] 1
BAR["x"]
#> BAAAAAAR
#> FOOOOOOO
#> [1] 1
FOO["x"]
#> FOOOOOOO
#> [1] 1
BAR["distance"]
#> BAAAAAAR
#> [1] 3
BAR["x"]  # fails
#> BAAAAAAR
#> Error in callNextMethod(x, i, j, ..., drop): bad object found as method (class "function")
BAR["x", foo = FALSE]
#> BAAAAAAR
#> [1] 1

注意：当我通过 reprex 传递它时，对 BAR 的第一次和最后一次调用也导致了错误，但我展示了我在交互式会话中的体验。我正在使用 R 版本 3.3.3

Answer 1

这是一个部分答案：它专门与“[”有关。这是一些工作代码，它用 'bat' 方法替换了 '[' 方法。它对我来说很好用：

foo <- setClass("foo", representation(x = "numeric", y = "numeric"))
bar <- setClass("bar", representation(distance = "numeric"), contains = "foo")

bat <- function (x, i, j, ..., drop = FALSE) message('in bat')
setGeneric('bat')
setMethod(f = "bat", signature = signature(x = "foo"), 
  definition = function(x, i, j, ..., foo = TRUE, drop = FALSE) {
    if (foo) 
      message("FOOOOOOO")
    if (i == "x") {
      return(x@x)
    } else {
      if (i == "y") {
        return(x@y)
      }
    }
  })
#> [1] "["

setMethod(f = "bat", signature = signature(x = "bar"), 
  definition = function(x, i, j, ..., bar = TRUE, drop = FALSE) {
    if (bar) 
      message("BAAAAAAR")
    if (i == "distance") {
      return(x@distance)
    } else {
      callNextMethod(x, i, j, ..., drop)
    }
  })

FOO <- new("foo", x = 1, y = 4)
BAR <- new("bar", x = 1, y = 4, distance = 3)
bat(FOO, 'x')
bat(BAR, 'distance')
bat(BAR, 'x')

现在：

bat(FOO, 'x')
FOOOOOOO
[1] 1
bat(BAR, 'x')
BAAAAAAR
FOOOOOOO
[1] 1
bat(BAR, 'distance')
BAAAAAAR
[1] 3
bat(BAR, 'x')
BAAAAAAR
FOOOOOOO
[1] 1

所以，我认为这与 S4 调度和 [自己的调度...以及解决方案的交互有关？我有 none，只是为了避免像瘟疫一样的 S4。也许 R-devel 可以提供帮助。这可能是一个真正的 R 错误，因为代码仅在 [.

时中断

Answer 2

这个问题可能与 [ 是原语有关，而使用 S4 时原语的处理方式不同。深入研究 callNextMethod 表明，在该方法与该原始函数的泛型相比具有不同参数的情况下，调用堆栈未被正确分析。如果从方法定义中删除参数 bar，则分派工作正常。

也就是说，还有另一种解决方法，不需要您选择其他函数名称。我添加了一个额外的函数 as.foo 并在转换为 foo 对象后调用泛型：

setGeneric("as.foo", function(x)standardGeneric("as.foo"))
setMethod("as.foo", signature = "bar",
          function(x)
            new("foo", x = x@x, y = x@y))

setMethod(f = "[", signature = signature(x = "bar", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"), 
          definition = function(x, i, j, ..., bar = TRUE, drop = FALSE) {
            if (bar) 
              message("BAAAAAAR")
            if (i == "distance") {
              return(x@distance)
            } else {
               x <- as.foo(x)
               callGeneric()
            }
          }
)

通过这种方式，您可以避免调度中的问题，并且所有以前失败的代码现在都可以工作了

FOO["x"]
#> FOOOOOOO
#> [1] 1
BAR["x"]
#> BAAAAAAR
#> FOOOOOOO
#> [1] 1
BAR["distance"]
#> BAAAAAAR
#> [1] 3
BAR["x"]  
#> BAAAAAAR
#> FOOOOOOO
#> [1] 1
BAR["x", foo = FALSE]
#> BAAAAAAR
#> [1] 1

Answer 3

这是因为 callNextMethod() 不够智能，无法处理具有增强形式的基元上的方法。我已经修好了，很快就会提交到 trunk。

S4 class [（子集）带有附加参数的继承

S4 class [ (subset) inheritance with additional arguments

r

inheritance

s4

基本问题：

错误和回溯：

更多详情：

最小工作示例：