使用 na.approx 或 na.spline 替换矩阵数据的 NA

Question

我是 R 的新手，目前有一个问题，数据如下所示：

    ID      h1      h2     h3      h4      h5      h6     h7     h8  
    IP6_1  0.1800   NA    -0.8600  NA      0.0400 -0.1400 1.4400 1.4900  
    IP6_2 -0.0250 -0.3050 -1.1050 -1.2150  0.0250  1.2750 1.7950 1.3850  
    IP6_3  0.2125 -0.1875   NA    -1.2225 -0.1425  0.7325 1.6275 1.3975  
    IP6_4  0.0150   NA    -1.0450 -0.3550  0.2950 -0.0150 0.3850 0.3050  
    IP6_5  0.1200 -0.0900 -0.9100 -0.6500  0.0900 -0.2700 0.9100 1.1200  
    IP6_6  0.0200 -0.0200 -0.8400 -0.6600   NA    -0.0900 0.6200 0.0800

数据具有随机 NA，我想使用 na.approx 每行替换它。我尝试使用它：

z_data <- zoo(cluster_data_wf[,-1])        
na.approx(z_data)

根本不会取代任何 NA。

一些有助于通过近似的线性插值或通过样条的三次样条插值替换 NA 的帮助将不胜感激。

编辑：最终输出应该仍然有第一列 ID

Answer 1

像这样？

require(zoo)
cols = colnames(x[, -1])
x = data.frame(ID=x[, 1], t(apply(x[, -1], 1, na.approx)))
colnames(x)[-1] = cols
print(x)

         ID      h1      h2     h3      h4      h5      h6     h7     h8
1 IP6_1  0.1800 -0.3400 -0.860 -0.4100  0.0400 -0.1400 1.4400 1.4900
2 IP6_2 -0.0250 -0.3050 -1.105 -1.2150  0.0250  1.2750 1.7950 1.3850
3 IP6_3  0.2125 -0.1875 -0.705 -1.2225 -0.1425  0.7325 1.6275 1.3975
4 IP6_4  0.0150 -0.5150 -1.045 -0.3550  0.2950 -0.0150 0.3850 0.3050
5 IP6_5  0.1200 -0.0900 -0.910 -0.6500  0.0900 -0.2700 0.9100 1.1200
6 IP6_6  0.0200 -0.0200 -0.840 -0.6600 -0.3750 -0.0900 0.6200 0.0800

Answer 2

问题没有以可重现的方式提供输入，所以我们真的不知道你是从什么开始的；然而，如果我们在下面的注释中给出了可重现的内容，那么由于 na.approx 按列操作，我们转置它，除了第 1 列，使用 na.approx，将它转回并填回除第 1 列以外的所有内容：

replace(DF, -1, t(na.approx(t(DF[, -1]))))

给予：

     ID      h1      h2     h3      h4      h5      h6     h7     h8
1 IP6_1  0.1800 -0.3400 -0.860 -0.4100  0.0400 -0.1400 1.4400 1.4900
2 IP6_2 -0.0250 -0.3050 -1.105 -1.2150  0.0250  1.2750 1.7950 1.3850
3 IP6_3  0.2125 -0.1875 -0.705 -1.2225 -0.1425  0.7325 1.6275 1.3975
4 IP6_4  0.0150 -0.5150 -1.045 -0.3550  0.2950 -0.0150 0.3850 0.3050
5 IP6_5  0.1200 -0.0900 -0.910 -0.6500  0.0900 -0.2700 0.9100 1.1200
6 IP6_6  0.0200 -0.0200 -0.840 -0.6600 -0.3750 -0.0900 0.6200 0.0800

注：

Lines <- " ID      h1      h2     h3      h4      h5      h6     h7     h8  
    IP6_1  0.1800   NA    -0.8600  NA      0.0400 -0.1400 1.4400 1.4900  
    IP6_2 -0.0250 -0.3050 -1.1050 -1.2150  0.0250  1.2750 1.7950 1.3850  
    IP6_3  0.2125 -0.1875   NA    -1.2225 -0.1425  0.7325 1.6275 1.3975  
    IP6_4  0.0150   NA    -1.0450 -0.3550  0.2950 -0.0150 0.3850 0.3050  
    IP6_5  0.1200 -0.0900 -0.9100 -0.6500  0.0900 -0.2700 0.9100 1.1200  
    IP6_6  0.0200 -0.0200 -0.8400 -0.6600   NA    -0.0900 0.6200 0.0800 "

DF <- read.table(text = Lines, header = TRUE, as.is = TRUE)

使用 na.approx 或 na.spline 替换矩阵数据的 NA

Replace NAs using na.approx or na.spline for matrix data

r

data-processing