来自不同目录的多个文件，绘制在一张图中

Question

这是我的脚本，它可以从一个目录调用一个文件。我可以使用“-o”从命令行 select 文件。

如何从多个目录中调用多个文件并在同一个图形中绘制。

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import csv
import argparse

parser = argparse.ArgumentParser()
parser = argparse.ArgumentParser(description='This script only works for gromacs rms files and filename should be in 1.xvg, 2.xvg format')

parser.add_argument("-o","--input", help="output as PDF.")


args = parser.parse_args()
input = (args.input)
x, y = [],[]
title = "RMSD"
xlabel = "Time (ns)"
ylabel = "RMSD (nm)"

with open(input) as f:
        for line in f:
            cols = line.split()
            if cols[0][0] == "#":
                pass
            elif cols[0][0] == "@":
                pass
            else: 
                  try:
                      if len(cols) == 2:
                               x.append(float(cols[0]))
                               y.append(float(cols[1]))
                  except ValueError:
                      pass        

fig = plt.figure()
ax1 = fig.add_subplot(111)
ax1.plot(x,y)
ax1.set_title(title)  
ax1.set_xlabel(xlabel)  
ax1.set_ylabel(ylabel)
plt.savefig('data.png', dpi=500)

Answer 1

您可以在使用逗号调用脚本时简单地指定一个文件列表（其中没有空格）：

python myscript.py -o file1,file2,file3

然后在您的脚本中添加：

inputs = (args.input).split(',')

并简单地遍历所有输入文件，例如

 for input in inputs:
     #Your code here

请注意，您应该在循环之前创建轴，这样您就不会在每次迭代中创建新轴。

来自不同目录的多个文件，绘制在一张图中

multiple files from different directory, plot in one figure

matplotlib

argparse

python-3.x