在 ggplot2 中使用 facet_grid 和 geom_raster 时填充行

Question

假设我做了四个 measurements/experiments (M1..M4)，产生的强度值在 5 个位置 (loc_1...5) 之间变化。我观察了各种类元素 (n=7)。现在我想使用 ggplot2 中的 facet_grid 和 geom_raster 将结果汇总到一个图表中。我最终得到了下图（见图）。

现在的问题是是否有一个简单的解决方案来强制行填充每个方面的 space（即删除每个面板中未使用的行）。

谢谢

rm(list=ls())
library(ggplot2)
library(reshape2)

set.seed(123)

# let's create a fake dataset
nb.mesure <- 4
n.row <- 200
n.col <- 5
nb.class <- 7


d <- matrix(round(runif(n.row * n.col),2), nc=n.col) 
colnames(d) <- sprintf("Loc_%02d", 1:5)

# These strings will be the row names of each heatmap
# in the subsequent facet plot
elements <- sample(replicate(n.row/2, 1:100))

# let's create a data.frame d
d <- data.frame(d, 
                mesure = sort(rep(c("M1","M2","M3", "M4"), n.row/4)),
                elements= elements,
                class=sample(nb.class, 
                             length(elements), 
                             rep=T,
                             prob = seq(0.01, 0.25, length.out=7))
                             )



# Data are melt
dm <- melt(d, id.var=c( "mesure", "elements", "class"))
colnames(dm) <- c("mesure","elements", "class", "pos", "intensity")

# Plotting
p <- ggplot(dm, aes(x = pos, y = elements, fill = intensity))
p <- p + geom_raster()                                        
p <- p + facet_grid(mesure~class , scales = "free", space="free_y")
p <- p + theme_bw()
p <- p + theme(text = element_text(size=8))
p <- p + theme(text = element_text(family = "mono", face = "bold"))
p <- p + theme(axis.text.y = element_blank(), 
               axis.ticks.y=element_blank(),
               axis.text.x = element_text(colour="grey20",
                                           size=6,angle=45,
                                        vjust = 0.3))
print(p)

Answer 1

如果您的目标是为 mesure, elements, class 和 pos 的所有缺失组合引入 NA 值（或其他），您可以使用 complete 中的函数tidyr 像这样打包：

library(tidyr)

dm <- complete(dm, mesure, elements, class, pos, fill = list(intensity = NA))

更新

如果您想扩展非 NA 值以填充每个方面，您必须从 facet_grid 移开并切换到 facet_wrap。

p <- p + facet_wrap(mesure~class , scales = "free_y", nrow = 4)

在 ggplot2 中使用 facet_grid 和 geom_raster 时填充行

Filling rows when using facet_grid and geom_raster in ggplot2

r

ggplot2

facet

facet-grid

geom-raster