Perl 错误：在 Test.pl 行 "n"、<File> 行 2 处使用 "strict refs" 时无法使用字符串 (" ") 作为 HASH 引用

Question

我目前正在编写一个将文件作为输入的脚本。输入文件如下所示：

ECHANTILLON GENOTYPE    
CAN1        genotype1   
CAN2        genotype1   
CAN3        genotype1   
EUG1        genotype2   
EUG2        genotype2   
EUG3        genotype2   
EUG4        genotype2

我想做的是创建一个散列：

作为 GENOTYPE 列的第一个键和
第二个键名为 "sample"，它将指向 "ECHANTILLON" 列。因此，它的值将给出例如 CAN1、CAN2...

我的脚本如下所示：

#!/usr/local/perl-5.24.0/bin/perl
use warnings;
use strict;

use Data::Dumper;
use feature qw{ say };
use Getopt::Long; 



my $list_geno;

GetOptions("g|input=s"=>$list_geno);
my %hash_geno_group;

open(GENOTYPED,"<$list_geno") or die ("Cannot open $list_geno\n");
while (defined(my $l1= <GENOTYPED>)) 
    {
        my @geno_group_infos = split(m/\t/,$l1); 
        next if ($l1 =~ m/^ECHANTILLON/); 
        chomp($l1);
        my $sample_nm = $geno_group_infos[0]; 
        my $sample_geno_group = $geno_group_infos[1]; 
        push @{ $hash_geno_group{$sample_geno_group}{"sample"} },$sample_nm;
        foreach $sample_geno_group (keys (%hash_geno_group)){
            foreach $sample_nm (values %{$hash_geno_group{%{$sample_geno_group}{"sample"}}}){
            print $sample_geno_group, "\t" ,  $sample_nm, "\n";
}
}
}


close(GENOTYPED);
exit;

我试图检查 returns $sample_nm 变量的打印内容，但它 returns 我认为是错误

Can't use string ("genotype1") as a HASH ref while "strict refs" in use at Test.pl line 27, "GENOTYPED" line 2".

谁能解释一下：

为什么我有这种类型或错误；
如何从第一列获取值。我需要进一步将它们存储到另一个变量中，以便将它们与来自另一个输入文件的相同值进行比较。谢谢！

Answer 1

替换行

foreach $sample_nm (values %{$hash_geno_group{%{$sample_geno_group}{"sample"}}}){

和

foreach $sample_nm (@{$hash_geno_group{$sample_geno_group}{"sample"}}){

$sample_geno_group 是散列 %hash_geno_group 的键，即。一个字符串（在您的示例中为 genotype1 或 genotype2）。但是，当您执行 %{$sample_geno_group} 时，您将其取消引用，就好像它是哈希引用一样，因此会出现错误 Can't use string as HASH ref ...。

此外，values %{ xxx } 应该用于检索 xxx 引用的散列值。但在您的情况下，xxx（即 $hash_geno_group{$sample_geno_group}{"sample"}）是对数组的引用，您在其中插入了上面两行带有 push ... 的元素。所以 @{ xxx } 应该用来检索它的元素（就像我在我建议的修复中所做的那样）。

另一个建议：使用用 my 声明的变量而不是你的裸词 GENOTYPED（例如，open my $genotype, '<', $list_geno or die "Can't open '<$list_geno': $!"）。

Perl 错误：在 Test.pl 行 "n"、<File> 行 2 处使用 "strict refs" 时无法使用字符串 (" ") 作为 HASH 引用

Perl errors: Can't use string (" ") as a HASH ref while "strict refs" in use at Test.pl line "n", <File> line 2

perl

hash

strict

refs