素食主义者：RDA 中的重要轴

Question

我有一个植物群落学相关数据框：

• 行代表站点
• 列代表物种

我在 运行 RDA 上使用 vegan 函数 rda(matrix ~ 1)。现在我有了坐标轴 summary(rda)$sites，但如何找出它们中的哪些是重要的？

我的进一步问题是，如果我使用不同的排序方法，这些方法会有所不同吗？

谢谢关注和解答

Answer 1

我个人认为没有办法。但是，有些人提出了查找 non-significant 轴数的方法。其中一些在 vegan github issue 中进行了讨论。我的个人经验是，其中许多方法效果不佳：如果我生成的数据具有定义的维数 + 随机误差，则方法无法找到已知数量的轴。不过，其中许多方法是 easy-ish 实现的（尽管我们尚未在 vegan 中实现它们）。请参阅上面链接的讨论。

你的标题问的是PCoA，但是你的例子用的是RDA。但是，类似的方法适用于两者（或者像我认为的那样都失败）。