如何在 Jupyter 笔记本中使用 rpy2 绘制（内联）？

Question

我正在学习在 Jupyter notebook 中使用 rpy2。我在策划时遇到了麻烦。当我使用 rpy2 docs 中的这个示例进行交互工作时：

from rpy2.interactive import process_revents
from rpy2.robjects.packages import importr
from rpy2.robjects.vectors import IntVector
process_revents.start()

graphics = importr("graphics")
graphics.barplot(IntVector((1,3,2,5,4)), ylab="Value")

Jupyter 打开一个新的 window 情节。 window "title" 显示：R 图形：设备 2（活动）（无响应）。我的 Jupyter 内核处于活动状态。当我尝试用绘图关闭 window 时，windows 声称 python.exe 没有响应，如果我强制关闭，则 jupyter 内核会重新启动。

第一：我怎样才能使 rpy2 情节内联？第二：如果无法进行内联绘图，如何在 window 中获取绘图而不 python.exe 变得无响应？

Answer 1

看来这就是您问题的答案：https://bitbucket.org/rpy2/rpy2/issues/330/ipython-plotting-wrapper

with rpy2.robjects.lib.grdevices.render_to_bytesio(grdevices.png, width=1024, height=896, res=150) as img:
    graphics.barplot(IntVector((1,3,2,5,4)), ylab="Value")
IPython.display.display(IPython.display.Image(data=img.getvalue(), format='png', embed=True))

Answer 2

这是 Christian 答案的稍微复杂的版本，它将绘图和内联嵌入包装到同一个上下文管理器中：

from contextlib import contextmanager
from rpy2.robjects.lib import grdevices
from IPython.display import Image, display

@contextmanager
def r_inline_plot(width=600, height=600, dpi=100):

    with grdevices.render_to_bytesio(grdevices.png, 
                                     width=width,
                                     height=height, 
                                     res=dpi) as b:

        yield

    data = b.getvalue()
    display(Image(data=data, format='png', embed=True))

用法：

with r_inline_plot(width=1024, height=896, dpi=150):
    graphics.barplot(IntVector((1,3,2,5,4)), ylab="Value")

Answer 3

我认为最干净的解决方案是简单地使用 %R 魔法函数。它曾经是 IPython 的一部分，但已移至 rpy2，因此您必须先将其作为扩展加载：

%load_ext rpy2.ipython
A = np.random.normal(100)
%R -i A hist(A)

绘制直方图到 Jupyter 控制台。

如何在 Jupyter 笔记本中使用 rpy2 绘制（内联）？

How to plot (inline) with rpy2 in Jupyter notebook?

python

plot

r

rpy2

jupyter