getopt 不太工作，我做错了什么？

Question

我不确定为什么下面的代码不起作用 - 我收到错误

NameError: name 'group1' is not defined.

在我尝试使用 getopt 之前，代码运行良好。我正在尝试解析命令行输入，例如，如果我输入

python -q file1 file2 -r file3 file4

file1 和 file2 成为我第一个循环的输入 'group1'。

import sys
import csv
import vcf
import getopt
#set up the args
try:
    opts, args = getopt.getopt(sys.argv[1:], 'q:r:h', ['query', 'reference', 'help'])
except getopt.GetoptError as err:
    print str(err)
    sys.exit(2)

for opt, arg in opts:
    if opt in ('-h', '--help'):
        print "Usage python -q [query files] -r [reference files]"
        print "-h this help message"
    elif opt in ('-q', '--query'):
        group1 = arg
    elif opt in ('-r', '--reference'):
        group2 = arg
    else:
        print"check your args"

#extract core snps from query file, saving these to the set universal_snps
snps = []
outfile = sys.argv[1]
for variants in group1:

    vcf_reader = vcf.Reader(open(variants))

Answer 1

问题是 group1 = arg 永远不会是运行，所以当它后来到达 for variants in group1: 时，变量没有定义。

这是因为您针对定义选项的方式错误地调用了该函数。当你有这条线时：

 opts, args = getopt.getopt(sys.argv[1:], 'q:r:h', ['query', 'reference', 'help'])

要求带有标志的参数（即 -q file1 和 -r file3 在之前指定任何其他参数。因此，如果您要将函数调用为：

python <scriptName> -q file1 -r file3 file2 file4

你会有预期的行为。这是因为所有没有关联标志的参数都出现在调用的末尾（并且可以通过 args 参数

检索

getopt 不太工作，我做错了什么？

getopt not quite working, what am I doing wrong?

python

bioinformatics

vcf-variant-call-format