使用 R 的 h2o 中的有效欧几里得距离

Question

我在 H2O 中有一个大的六边形框架，为此我需要计算每行中两点之间的欧氏距离。虽然它产生了正确的结果，但以下 H2O R 代码运行速度太慢。 30分钟过去了，还是运行。我什至有时间在 Whosebug 运行时 post 这个问题。

这个h2o代码是否有更高效的设计？

# H2O R code to row-wise compute Euclidean distance between two points s1 and s2 contained in each row.
# Is this the most efficient H2O code that is possible? Real world will run on a big hex frame.
h2odistance = function(hex, cols1, cols2) {
    nr = h2o.nrow(hex)
    for (r in 1:nr) {
        dif = hex[r,cols1] - hex[r,cols2]
        sq = dif * dif
        sm = h2o.sum(sq)
        rt[r] = h2o.sqrt(sm)
    }
    rt  
}

这是它的普通旧 R 代码，用于比较。我包括一个用于正确性检查的小型测试用例数据框：

(df = data.frame(s1_c1=c(1,3), s1_c2=c(2,20), s1_c3=c(3,3), s2_c1=c(9,21), s2_c2=c(10,22), s2_c3=c(0,0)))
fn <- function(z) {sqrt(sum((z[1:3] - z[4:6])^2))}
(rt = apply(df, 1, fn))

这是纯R代码的正确输出供参考：

11.7046999107196 18.3575597506858

h2o 代码也输出正确的值：

h2odistance(as.h2o(df), 1:3, 4:6)

11.7046999107196 18.3575597506858

Answer 1

您可以使用 h2o.distance() 功能 measure = "l2"，它最近已提交到 master 分支但尚未发布。要使用它，您需要 build H2O from master. An example of how to use the function is here.

Answer 2

您也可以尝试从 http://h2o.ai/download 下载最新的每晚构建版本，这里是 R 中距离函数的测试：

https://github.com/h2oai/h2o-3/blob/277ce7d3bd14514b5c34bc58c18514011256f533/h2o-r/tests/testdir_munging/runit_distance.R

Answer 3

这个表达式应该可以解决问题： sqrt(apply((hex[,cols1] - hex[,col2])^2, 1, sum))

使用 R 的 h2o 中的有效欧几里得距离

Efficient Euclidean distance in h2o with R

r

h2o