为 model.matrix 中的部分因素设置对比

Question

我有一个实验设计，我想用它来拟合线性回归模型。

这是设计 data.frame:

design.df <- data.frame(batch=rep(c(1:3,1:3),4),
                      species=rep(c(rep("mouse",3),rep("rat",3)),4),
                      sex=rep(c(rep("M",12),rep("F",12))),
                      stringsAsFactors = F)

design.df$species 和 design.df$sex 都是 factors:

design.df$species <- factor(design.df$species,levels=c("mouse","rat"))
design.df$sex <- factor(design.df$sex,levels=c("F","M"))

design.df$species 的对比度编码应为 contr.treatment 而 design.df$sex 的对比度编码应为 contr.sum.

将其设置为 model.matrix 我认为这或许可行：

contrasts.list <- list(batch=NA,species="contr.treatment",sex="contr.sum")

design.mat <- model.matrix(as.formula(paste0("~",paste(model.factors,collapse="+"))),contrasts=contrasts.list,data=design.df)

根据我得到的错误，显然它不起作用：

Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contrasts.arg[[nn]]) : 
  contrasts apply only to factors

所以我的问题是如何根据我指定的 contrasts.list 从 design.df 得到 model.matrix？

Answer 1

您正在使用未在任何地方定义的变量 model.factors。不确定目标是什么。如果您只想将所有这些值作为协变量，您可以这样做

contrasts.list <- list(species="contr.treatment", sex="contr.sum")
design.mat <- model.matrix(~., contrasts=contrasts.list, data=design.df)

请注意，您的 contrasts.list 应该只有因子变量的值。不包括 batch.

为 model.matrix 中的部分因素设置对比

Setting contrasts for part of the factors in a model.matrix

r

lm

model.matrix