Python ete3 - 有没有办法拉伸系统发育树的分支？

Question

我正在尝试阅读系统发育树并将其分支拉伸到比原来的更大或更小，但我没有找到如何。拉伸需要在树本身上 - 而不是在它的可视化上。

例如下面的代码读取一棵树并呈现它：

from ete3 import Tree

t = Tree("(2azaa:0.1871453443,1dz0a:0.1944528747,   (((1joi:0.1917345578,1nwpa:0.206793251):0.2050584423,"
     "(1jzga:0.3027313573,1rkra:0.2710518895):0.08148637118):0.06756061176,(1cuoa:0.2959705289,"
     "((1qhqa:0.585997308,1gy1a:2.509606787):0.1590837051,(1kdj:0.9427371887,"
     "((1iuz:0.1918780006,7pcy:0.2035503755):0.1750205426,((2plt:0.2727097306,(2b3ia:0.6259053315,"
     "(((1bawa:0.3036227494,1nin:0.5134587308):0.1375675558,((2raca:0.4617882857,1id2a:0.3274320042):0.7764884063,"
     "(1pmy:0.7017063073,(1bqk:0.2214168026,(1adwa:0.4171298259,1paz:0.4214910379):0.08599165577):0.2074622534):0.9354371144):0.4486761297)"
     ":0.1105387947,(1m9wa:0.4551681561,1bxva:0.3931722476):0.06879588421):0.1131812572):0.4242876607):0.1447393581,"
     "(1plb:0.2176281022,(1byoa:0.2314554253,(9pcy:0.2456728049,(1ag6:0.1776514893,1plc:0.318467746):0.02728470893)"
     ":0.07383541027):0.1260361833):0.2659408726):0.05013755844):0.2637791318):1.001560925):1.018869112):0.4609302267):0.1807238866);")

t.show()

下面link讨论如何使用这个库，但是我没有找到我要找的东西：

http://etetoolkit.org/docs/latest/tutorial/tutorial_trees.html

有人可以帮忙吗？

编辑：如果有其他 Python 库可以做到这一点，我很想知道是哪个库以及如何完成的。

Edit2：我知道在 R 中有一个名为 "ape" 的库，然后可以非常简单地完成它......也许使用它的人知道某些 python 库中的并行操作？

Answer 1

到目前为止我还没有找到做这个拉伸的方法...

我编写了一个简单的代码，遍历代表树的字符串，找到数字（即早午餐的长度）然后乘以 2。这是一个补丁而不是一个真正的解决方案......仍然希望有人能有想法。

for c in original_tree:
if is_number(c) or c=='.':
    number+=c
else:
    if len(number)<5:
        stretched_tree+=number
        number=""
    elif number!="":
        stretched_tree+=str(float(number)*2)
        number = ""
    stretched_tree+=c

Answer 2

找了半天找到解决方法：据我所知，系统发育 python 库中没有内置函数来拉伸树。这很奇怪，我希望我是错的。

然而，一旦您了解了它们的数据结构，就有一种简单的方法可以做到：您需要做的只是运行遍历树中的所有边，然后将它们乘以所需的因子。这样做的方式不同，具体取决于您使用的库。下面是两个如何使用 dendropy 和 ete3 将树拉伸两倍大小的示例：

from ete3 import Tree
import dendropy as dp

original_tree = "(2azaa:0.1871453443,1dz0a:0.1944528747,(((1joi:0.1917345578,1nwpa:0.206793251):0.2050584423,"\
     "(1jzga:0.3027313573,1rkra:0.2710518895):0.08148637118):0.06756061176,(1cuoa:0.2959705289,"\
     "((1qhqa:0.585997308,1gy1a:2.509606787):0.1590837051,(1kdj:0.9427371887,"\
     "((1iuz:0.1918780006,7pcy:0.2035503755):0.1750205426,((2plt:0.2727097306,(2b3ia:0.6259053315,"\
     "(((1bawa:0.3036227494,1nin:0.5134587308):0.1375675558,((2raca:0.4617882857,1id2a:0.3274320042):0.7764884063,"\
     "(1pmy:0.7017063073,(1bqk:0.2214168026,(1adwa:0.4171298259,1paz:0.4214910379):0.08599165577):0.2074622534):0.9354371144):0.4486761297)"\
     ":0.1105387947,(1m9wa:0.4551681561,1bxva:0.3931722476):0.06879588421):0.1131812572):0.4242876607):0.1447393581,"\
     "(1plb:0.2176281022,(1byoa:0.2314554253,(9pcy:0.2456728049,(1ag6:0.1776514893,1plc:0.318467746):0.02728470893)"\
     ":0.07383541027):0.1260361833):0.2659408726):0.05013755844):0.2637791318):1.001560925):1.018869112):0.4609302267):0.1807238866);"

#dendropy test
print("These are the dendropy results:")
t1 = dp.Tree.get_from_string(original_tree,"newick")
t2 = dp.Tree.get_from_string(original_tree,"newick")
for edge in t2.levelorder_edge_iter():
    if(edge.length == None):
        continue
    edge.length *=2
print(t1)
print(t2)

#ete3 test
print("These are the ete3 results:")
t3 = Tree(original_tree)
t4 = Tree(original_tree)
for node in t4.iter_descendants():
    node.dist*=2
print(t3.write())
print(t4.write())

我们可以从这个案例中学到的另一个教训 - 在搜索内置函数之前，请务必对您使用的数据结构做功课...

Python ete3 - 有没有办法拉伸系统发育树的分支？

Python ete3 - Is there a way to stretch branches of phylogenetic trees?

python

phylogeny

r-ape

ete3