绘制具有二元响应变量的系统发育逻辑回归

Question

我用phylolm包做了系统发育比较分析。由于我的响应变量是二进制数据（1 和 0），我使用了系统发育逻辑回归。

如何绘制 phyloglm 的输出？我发现了一个类似的问题here，但我无法理解回复。您能否就如何绘制结果提供一些建议，如此处所示？

Answer 1

使用 ?phyloglm 中的示例：

library(ape)
library(phylolm)
set.seed(123456)
tre = rtree(50)
x = rTrait(n=1,phy=tre)
X = cbind(rep(1,50),x)
y = rbinTrait(n=1,phy=tre, beta=c(-1,0.5), alpha=1 ,X=X)
dat = data.frame(trait01 = y, predictor = x)
fit = phyloglm(trait01~predictor,phy=tre,data=dat,boot=100)

绘制（抖动的）数据和响应（plogis() 是逻辑函数。预测值为logistic(a+b*x)；我们使用 curve() add=TRUE画线)

par(las=1,bty="l") ## cosmetic
plot(x,jitter(y,factor=0,amount=0.02),
     xlab="trait",ylab="response",xlim=c(-3.5,3.5))
cc <- coef(fit)
curve(plogis(cc[1]+cc[2]*x),col="red",add=TRUE)

该情节的 OP 版本是

这（虽然我们看不到 y 轴刻度）与逻辑拟合完全一致，在预测值的中间范围内近似线性（在预测值的上端有减速的迹象）曲线）。

绘制具有二元响应变量的系统发育逻辑回归

plot phylogenetic logistic regression with binary response variable

r

plot

logistic-regression

phylogeny