如何使用 graphviz 通过 networkx 获取图形坐标（布局）？

Question

我有一个包含 3000 个节点的图。我正在尝试使用 pydot 布局引擎来找到比默认 networkx 布局更令人满意的布局 layout = nx.fruchterman_reingold_layout(G)

G_tst = nx.complete_graph(4)
pos = nx.nx_pydot.pydot_layout(G_tst )
pos = nx.nx_pydot.pydot_layout(G_tst , prog='dot')

工作正常。但是当我使用自己的图表时 pos = nx.nx_pydot.pydot_layout(G) 我得到一个 Type Error，它声称 G 不止一次具有属性 name。

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TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-72-1326868cc786> in <module>()
      1 
----> 2 pos = nx.nx_pydot.pydot_layout(G)
      3 nx.draw(G, pos=pos)

C:\Anaconda3\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_pydot.py in pydot_layout(G, prog, root, **kwds)
    261     """
    262     import pydotplus
--> 263     P=to_pydot(G)
    264     if root is not None :
    265         P.set("root",make_str(root))

C:\Anaconda3\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_pydot.py in to_pydot(N, strict)
    200     for n,nodedata in N.nodes_iter(data=True):
    201         str_nodedata=dict((k,make_str(v)) for k,v in nodedata.items())
--> 202         p=pydotplus.Node(make_str(n),**str_nodedata)
    203         P.add_node(p)
    204 

TypeError: __init__() got multiple values for argument 'name'

这是我有的 node attributes：

`G.add_node(G.number_of_nodes(), 
           name=endNode.endWord, # string
           teaching_text=endNode.tt_corpus, # string
           definition=endNode.domainDef, # string
           search_string=endNode.searchKey_obj.search_key_str,
           name_len = len(endNode.endWord))` #int

Answer 1

我昨天遇到了同样的错误。我不是 100% 确定，但似乎某些内部变量与您的属性冲突 "name"。就我而言，我将其更改为 "name_" 然后就可以了。

如何使用 graphviz 通过 networkx 获取图形坐标（布局）？

How to get graph coordinates (layout) with networkx using graphviz?

graphviz

networkx

python-3.x

pydot