facets 在 qplot 中工作，但 facet_wrap 在 ggplot 中产生错误

Question

我在尝试在 ggplot 中使用 facet_wrap 时遇到了一个令人费解的问题，包括我的真实数据集和简化的虚拟数据集。我正在尝试为多个个体绘制整个基因组的杂合性，每条染色体分别显示。

我的虚拟数据：

chr1    123000    124000    2    0.00002    26    0.00026    indiv1
chr1    124000    125000    3    0.00003    12    0.00012    indiv1
chr1    125000    126000    1    0.00001    6    0.00006    indiv1
chr1    126000    126000    2    0.00002    14    0.00014    indiv1
chr2    123000    124000    6    0.00006    20    0.00020    indiv1
chr2    124000    125000    0    0.00000    12    0.00012    indiv1
chr1    123000    124000    2    0.00002    26    0.00026    indiv2
chr1    124000    125000    3    0.00003    12    0.00012    indiv2
chr1    125000    126000    1    0.00001    6    0.00006    indiv2
chr1    126000    126000    2    0.00002    14    0.00014    indiv2
chr2    123000    124000    6    0.00006    20    0.00020    indiv2
chr2    124000    125000    0    0.00000    12    0.00012    indiv2

我读取数据的代码：

    hetshoms <- read.table("fakedata.txt", header=F)
    chrom <- hetshoms$V1
    start.pos <- hetshoms$V2
    end.pos <- hetshoms$V3
    hets <- hetshoms$V4
    het_stat <- hetshoms$V5
    homs <- hetshoms$V6
    hom_stat <- hetshoms$V7
    indiv <- hetshoms$V8
    HetRatio <- hets/(hets+homs)

当我尝试在 qplot 中分别绘制染色体时，它工作正常：

testplot <- qplot(start.pos, HetRatio, facets = chrom ~ ., colour=chrom)

但是当我在 ggplot 中尝试类似的东西时，它不起作用。第一部分工作正常：

testplot <- ggplot(hetshoms, aes(x=start.pos, y=HetRatio)) + geom_point(aes(color=chrom))

但是当我尝试添加 facet_wrap:

testplot + facet_wrap(~chrom)

这会产生以下错误

"Error en layout_base(data, vars, drop = drop) : At least one layer must contain all variables used for facetting"

我试过添加一个 (as.formula(paste)) 到 facet_wrap() 并直接调用 hetshoms$V1 但都没有解决问题。

对于如何更正我的代码的任何建议，我将不胜感激。

Answer 1

要复制 qplot 输出，我们需要 facet_grid(chrom~.)

#data
hetshoms <- read.table(text="
                       chr1    123000    124000    2    0.00002    26    0.00026    indiv1
chr1    124000    125000    3    0.00003    12    0.00012    indiv1
                       chr1    125000    126000    1    0.00001    6    0.00006    indiv1
                       chr1    126000    126000    2    0.00002    14    0.00014    indiv1
                       chr2    123000    124000    6    0.00006    20    0.00020    indiv1
                       chr2    124000    125000    0    0.00000    12    0.00012    indiv1
                       chr1    123000    124000    2    0.00002    26    0.00026    indiv2
                       chr1    124000    125000    3    0.00003    12    0.00012    indiv2
                       chr1    125000    126000    1    0.00001    6    0.00006    indiv2
                       chr1    126000    126000    2    0.00002    14    0.00014    indiv2
                       chr2    123000    124000    6    0.00006    20    0.00020    indiv2
                       chr2    124000    125000    0    0.00000    12    0.00012    indiv2
                       ",header=FALSE)
#calculate HetRatio
colnames(hetshoms) <- c("chrom","start.pos","end.pos","hets","hets_stat","homs","homs_stat","indiv")
hetshoms$HetRatio <- hetshoms$hets/(hetshoms$hets+hetshoms$homs)

#plot
ggplot(hetshoms, aes(x=start.pos, y=HetRatio)) + 
  geom_point(aes(color=chrom)) +
  facet_grid(chrom~.)

facets 在 qplot 中工作，但 facet_wrap 在 ggplot 中产生错误

facets work in qplot but facet_wrap produces an error in ggplot

r

ggplot2

facet-wrap