使用 ggplot，如何在属于一个组的散点图中构建点？

Question

在我的数据中，我将每个观察结果分类为一组。我想在散点图中绘制数据并框出每组以显示差异。据我所知，如果你有 Kmens、pam 或 clara 的聚类数据，R 中有几个函数可以做到这一点（例如 ggfortify 包中的 autoplot()，factoextra 包中的 fviz_cluster() 或 clusplot( ) 在群集包中)。作为示例，我使用 iris 数据集和包 ggfortify。

library(ggplot2)
library(ggfortify)

#dimension reduction
IrisPrinComp <- princomp(formula=~Sepal.Length +Sepal.Width +Petal.Length +Petal.Width, data = iris )

IrisWithPrinComp <- cbind(iris, IrisPrinComp$scores)

IrisWithPrinComp$FactorSpecies <- factor(IrisWithPrinComp$Species)

#Plot
ggplot(data=IrisWithPrinComp, aes(x=Comp.1, y=Comp.2, color=FactorSpecies))+geom_point()

Iris principal components scatter plot 使用 ggfortify 我几乎得到了我想要的，除了集群错误分类了一些观察结果：

Irisclusters <- kmeans(x = IrisWithPrinComp[,c("Comp.1", "Comp.2")], centers = 3, iter.max = 20, nstart = 5)

IrisWithPrinComp$Cluster <- factor(Irisclusters$cluster)

autoplot(Irisclusters, data = IrisWithPrinComp, frame=T)

Framed kmeans scatter plot

Answer 1

您可以使用 ggalt 包中的 geom_encircle

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(tibble)
# devtools::install_github("hrbrmstr/ggalt")
library(ggalt)

princomp(formula = ~Sepal.Length + Sepal.Width + Petal.Length + Petal.Width, 
         data = iris) %>%
  fortify() %>%
  add_column(FactorSpecies = factor(iris$Species)) %>%
  ggplot(aes(x = Comp.1, y = Comp.2, color = FactorSpecies)) + 
  geom_point() +
  geom_encircle(aes(group = FactorSpecies))

使用 ggplot，如何在属于一个组的散点图中构建点？

Using ggplot, How could I frame points in a scatter plot that belong to a group?

r

ggplot2

k-means