连续渐变颜色和固定比例热图 ggplot2

Question

我正在从 Mathematica 切换到 R，但我发现在可视化方面有些困难。

我正在尝试按如下方式制作热图：

short 
   penetration scc          pi0
1            0   0  0.002545268
2            5   0 -0.408621176
3           10   0 -0.929432006
4           15   0 -1.121309680
5           20   0 -1.587298317
6           25   0 -2.957853131
7           30   0 -5.123329738
8            0  50  1.199748327
9            5  50  0.788581883
10          10  50  0.267771053
11          15  50  0.075893379
12          20  50 -0.390095258
13          25  50 -1.760650073
14          30  50 -3.926126679
15           0 100  2.396951386
16           5 100  1.985784941
17          10 100  1.464974112
18          15 100  1.273096438
19          20 100  0.807107801
20          25 100 -0.563447014
21          30 100 -2.728923621

mycol <- c("navy", "blue", "cyan", "lightcyan", "yellow", "red", "red4")

ggplot(data = short, aes(x = penetration, y = scc)) +
  geom_tile(aes(fill = pi0)) +
  scale_fill_gradientn(colours = mycol)

我明白了：

但我需要这样的东西：

也就是说，我希望绘图表面的颜色是连续的（退化的），而不是每个方块的离散颜色。我在其他 SO 问题中看到有人插入数据，但我认为在 ggplot 调用中应该有一种更简单的方法（在 Mathematica 中是默认完成的）。

此外，我想锁定色标，使 0 始终为白色（因此在正值的暖色和负值的冷色之间分开）并且颜色分布在各个图上始终相同，与数据范围（因为我将对多个数据集使用相同的绘图结构）

Answer 1

您可以将 geom_raster 与 interpolate=TRUE 一起使用：

ggplot(short , aes(x = penetration, y = scc)) +
  geom_raster(aes(fill = pi0), interpolate=TRUE) +
  scale_fill_gradient2(low="navy", mid="white", high="red", 
                       midpoint=0, limits=range(short$pi0)) +
  theme_classic()

要在所有绘图中将相同的颜色映射到 pi0 的值，请将 scale_fill_gradient2 的 limits 参数设置为在每个绘图中相同。例如，如果你有三个数据框 short、short2 和 short3，你可以这样做：

# Get range of `pi0` across all data frames
pi0.rng = range(lapply(list(short, short2, short3), function(s) s$pi0))

然后在所有地块的 scale_fill_gradient2 中设置 limits=pi0.rng。

Answer 2

我会调整你的 scale_fill_gradient2:

scale_fill_gradient2('pi0', low = "blue", mid = "white", high = "red", midpoint = 0)

要使绘图颜色直接可比，请向每个绘图添加一致的 limits：

scale_fill_gradient2('pi0', low = "blue", mid = "white", high = "red", midpoint = 0, limits=c('your lower limit','your upper limit'))

连续渐变颜色和固定比例热图 ggplot2

Continuous gradient color & fixed scale heatmap ggplot2

r

colors

continuous

heatmap

ggplot2