Extracting individuals with Plink. Error: Line 1 of --keep file has fewer tokens than expected

Question

我有 1000 个基因组计划的 2504 个个体的文件，我想按人口筛选。我为第一批人口 (ACB) 做了以下操作：

plink --file all1000gen --keep indACB.txt --make-bed --out all1000genACB

但它返回以下错误：

Error: Line 1 of --keep file has fewer tokens than expected.

我的 indACB.txt 文件如下所示：

head indACB.txt 
HG01879
HG01880
HG01882
HG01883
HG01885
HG01886
HG01889
HG01890
HG01894
HG01896

我从 1000 基因组页面中可用的种群信息文件制作（针对每个种群，使用 grep），它有两倍的个体 ID（前两列）和一个种群名称，如显示：

head indpop2.txt
HG00096 HG00096 GBR
HG00097 HG00097 GBR
HG00099 HG00099 GBR
HG00100 HG00100 GBR
HG00101 HG00101 GBR
HG00102 HG00102 GBR
HG00103 HG00103 GBR
HG00105 HG00105 GBR
HG00106 HG00106 GBR
HG00107 HG00107 GBR

我认为我的 --keep 文件有问题，但我不确定 txt 文件的所需结构是什么。

我还尝试从 indpop2.txt 中 greping ACB 个人，所以新的 indACB.txt 文件看起来像这样：

head indACB2.txt 
HG01879 HG01879 ACB
HG01880 HG01880 ACB
HG01882 HG01882 ACB
HG01883 HG01883 ACB
HG01885 HG01885 ACB
HG01886 HG01886 ACB
HG01889 HG01889 ACB
HG01890 HG01890 ACB
HG01894 HG01894 ACB
HG01896 HG01896 ACB

但它会产生以下错误：

plink --file allconcat39 --keep indACB2.txt --make-bed --out allconcat43ACB

Error: No people remaining after --keep.

Answer 1

前两列是家庭和个人ID；第三列应该是一个数值（尽管文件可以有超过 3 列），并且只有为此值为 1 的个人才会被包含在任何后续分析或文件生成过程中。

Extracting individuals with Plink. Error: Line 1 of --keep file has fewer tokens than expected

Extracting individuals with Plink. Error: Line 1 of --keep file has fewer tokens than expected

genome